El Ministerio de Salud de la Nación, a través del Malbrán, detectó la variante de Amazonas P.1 en dos muestras, y la variante de Río de Janeiro P.2 en otros dos viajeros. Todos ellos provenientes de Brasil.
Lo confirmó por Twitter el ministro de Salud de la Nación, Ginés González García. “Estos hallazgos remarcan la importancia de la implementación de una vigilancia epidemiológica genómica activa para monitorear la introducción de estas variantes en nuestro país”, remarcó el funcionario.
La primera publicación científica que daba fe de la existencia de la nueva variante del Amazonas fue un esfuerzo conjunto de diez instituciones en diciembre de 2020. Entre ellas, Imperial College de Londres, la Universidad de Oxford y el Instituto de Medicina Tropical de la Universidad de Sao Paulo. Ahí, se concertó denominar la variante proveniente del gigante sudamericano “P.1″.
Hasta el momento, se confirmó que existen contagios en Manaos, en el Amazonas brasileño, San Pablo y esparcido en otros países del mundo, lista que ahora incluye a la Argentina.
En cuanto a la variante de Río de Janeiro o variante P.2 (derivada del linaje B.1.1.28), detectada en Río de Janeiro, Brasil, desde octubre de 2020, ya había sido detectada en el país, y ha sido reportada en 9 países, incluida la República Argentina.
La detección de las nuevas cepas es posible mediante la secuenciación genómica completa realizada por el ANLIS - Malbrán (Administración Nacional de Laboratorios e Institutos de Salud). “Una de las mejores formas de conocer un organismo es secuenciar su genoma, que contiene las instrucciones necesarias para hacerlo funcionar. Cuando se produce una pandemia como la de COVID-19, conocer el genoma del agente infeccioso responsable proporciona información con gran relevancia para los investigadores. Les permite identificar qué es lo que causa la enfermedad, conocer su origen y evolución con el tiempo o desarrollar estrategias terapéuticas para hacerle frente”, señaló en diálogo con Infobae la directora científico-técnica del Instituto Malbrán, Claudia Perandones (M.N. 83.079).
La secuenciación genómica durante la pandemia de COVID-19 ha permitido:
A. Determinar rápidamente el origen del virus de su reservorio zoonótico (pangolín).
B. Identificar la dinámica global de dispersión del virus.
C. Analizar y realizar el seguimiento de la virulencia viral.
D. Evaluar la adecuación de las diferentes estrategias diagnósticas tradicionales y evaluar “a tiempo real” el impacto de las medidas de mitigación y control para la toma de decisiones informadas.
E. La rápida identificación de las mutaciones responsables de la segunda ola posterior al verano en Europa, la individualización de afectados “súper-transmisores” (super spreaders) de la enfermedad.
F. Identificar las reintroducciones zoonóticas, como la de los visones en Dinamarca y Francia.
G. La identificación de la “Nueva Variante del Reino Unido Linaje B.1.1.7.”, que presenta un incremento de un 70% en la transmisibilidad de la infección por SARS-CoV-2 y que ya se ha identificado en tres estados de EEUU y en 33 países mas.
H. La identificación de las variantes de Sudáfrica y Río de Janeiro.
I. La secuenciación genómica es la única tecnología que permite la confirmación de reinfecciones.
Por su parte, la especialista agrega que “realizar el seguimiento de estas variaciones a través de una vigilancia genómica de la población viral circulante en el país, especialmente, y después la presión vacunal, es fundamental para asegurar la correcta cobertura de los linajes circulantes en la estrategia elegida”. Queda de manifiesto la necesidad de realizar estudios genómicos a gran escala y a tiempo real porque esta es la única tecnología que permite tomar decisiones relevantes para la salud pública.
En ese contexto, la tecnología CovidSeq de Illumina, que es una prueba de secuenciación de próxima generación (NGS) de alto rendimiento que detecta el SARS-CoV-2 en hisopos nasales nasofaríngeos, orofaríngeos y de cornete medio de pacientes con sospecha de COVID-19, fue adquirida por el Ministerio de Salud de la Nación para el ANLIS - Malbrán, que incluye una plataforma robótica, un equipo de secuenciación de nueva generación con alta capacidad de generación de secuencias y una infraestructura informática para estudios de epidemiología genómica, metagenómica e inteligencia artificial a gran escala.
“El equipo de secuenciación CovidSeq de Illumina permite la generación de 360 GB de información de secuenciación en 12 horas. Esto permitiría generar por ejemplo, 3.000 genomas de SARS-CoV-2 en 24 horas, lo cual admite el estudio genómico a gran escala y a tiempo real. La generación de información de secuenciación en el equipo es escalable, eso significa que se puede generar menos información de ser necesario”, explica la directora científica del Malbrán.
“Para que estos estudios puedan ser escalables, dicho equipo está asociado a una plataforma robótica que permite la obtención de material genético de distintas muestras clínicas y el procesamiento posterior en una etapa pre y post amplificación del material genético. Esta plataforma robótica puede ser programada para diversos usos que permiten escalar también el diagnóstico molecular de la institución”, enfatizó Perandones.
A su vez, para poder realizar el análisis y procesamiento de manera eficiente de la información generada, el equipo de secuenciación tiene asociado un procesador más veloz que permite realizar un análisis inicial sin necesidad de trasladar esa información. Esto permite la generación de un reporte de identificación de coronavirus en minutos. Por otro lado, se contempla también la adquisición de la infraestructura informática necesaria para almacenar y procesar la información generada para estudios posteriores de mayor complejidad con un sistema de gestión de información de laboratorio (LIMS), de trazabilidad y de muestras genómicas.
“Esta plataforma es la única aprobada por Food and Drug Administration (FDA) para su uso diagnóstico por genómica para coronavirus y ya está siendo utilizada por laboratorios de referencia en EEUU y en todo el mundo con esta finalidad”, concluyó la directora científico-técnica del Instituto ANLIS - Malbrán. En este sentido, Pascual Fidelio, director de ese instituto, señaló: “La capacidad de obtener datos de los genomas de diferentes patógenos para poder predecir y estudiar brotes epidemiológicos nos ubica a la vanguardia, dado que muy pocas naciones pueden en estos momentos contar con capital tecnológico y humano a la altura de los desafíos”.
A su vez, remarcó que “la posibilidad de contar con un equipo de última generación permite secuenciar en forma masiva genomas completos de SARS- CoV- 2 y esto implica conocer rápidamente el tipo de cepa, linaje y circulación del virus. Con esta información, sumada a otras de carácter epidemiológico, pueden definirse acciones sanitarias, lo cual es clave en contexto de pandemia”.
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