El río Lerma-Santiago es uno de los ríos más largos de todo el país; forma parte de la cuenca Lerma-Chapala-Santiago, y comienza en el Estado de México, donde está la parte del río Lerma, para luego desembocar en el Lago de Chapala; ahí inicia el río Santiago, que recorre 475 kilómetros hasta desembocar en el Océano Pacífico. Entre sus afluentes destacan los ríos Verde, Juchipila, Huaynamota y Bolaños; así como el Zula.
Este cuerpo de agua atraviesa el Estado de México, Querétaro, Guanajuato y Michoacán, hasta llegar a Jalisco, y de ahí corre a través de Nayarit hasta llegar al Océano Pacífico. Tristemente, una de las características más grandes de este afluyente es que puede ser considerado como el río más contaminado de todo el país.
En los últimos 50 años, la contaminación de estos torrentes se debe a la actividad industrial y al desmedido crecimiento urbano. Debido a sus grandes concentraciones de contaminantes, las aguas del Río Lerma suelen teñirse de negro, y expiden fuertes olores a hidrocarburos.
Además, la población de las zonas que atraviesa tampoco lo cuidan tanto: continuamente son arrojados al cauce residuos de todo tipo, además de animales muertos, escombros, etc. sin contar las descargas de aguas residuales que se hacen sin miramientos.
Se estima que para sanear el río Lerma son necesarios alrededor de 14 mil millones de pesos, cantidad que ninguno de los últimos tres gobiernos federales ha invertido, según el Consejo de la Cuenca Lerma Chapala.
Por su parte, el río Santiago, que se ubica en una zona altamente industrializada, recibe descargas de desechos tóxicos de unas 250 industrias y empresas, además de desechos de granjas porcinas y cultivos con agroquímicos. que se encuentran a lo largo de su cauce.
La contaminación del río ha causado graves problemas de salud en la población local, incluyendo enfermedades renales y cáncer. En este sentido. la población de El Salto y Juanacatlán, municipios del Área Metropolitana de Guadalajara, es la más expuesta a la contaminación del río.
Los habitantes de estas comunidades han denunciado la falta de acción por parte de las autoridades estatales y federales para limpiar el río y atender los casos de enfermedades relacionadas con la contaminación.
De acuerdo con lo publicado en El Sol de Salamanca, el Consejo de la Cuenca Lerma-Chapala ha pensado reactivar el Sistema Integral de Manejo Sustentable del Acuífero (SIMS), un proyecto que comenzó en 2014 que busca rescatar este cauce, pero debido a los cambios de sexenio del 2018 se paralizó.