Señalado como el brazo predominante del Cártel de Sinaloa por el gobierno de Estados Unidos, Los Chapitos han sido acusados formalmente por el Departamento de Justicia por delitos de narcotráfico, lavado de dinero y posesión de armas de fuego. Sin embargo, antes de tener el control de la organización sostuvieron una violenta disputa con capos como Ismael el Mayo Zambada y Dámaso el Licenciado López, también líderes.
Tras las captura de Joaquín el Chapo Guzmán en 2016, el cártel perdió a uno de sus principales jefes y ocasionó un revuelo por el dominio de la organización. Como era de esperarse, los hijos del capo de inmediato alzaron la mano para ocupar el cargo que dejó vacante su padre, pero no fue el único. Ello trajo consigo una sangrienta lucha entre las cabecillas en la que finalmente se impusieron Los Chapitos.
Uno de los hechos más recordados y que pudo haber desatado una guerra sin cuartel dentro del Cártel de Sinaloa fue el secuestro de tres de los hijos del Chapo en 2016, mientras estos se encontraban en un afamado restaurante de Puerto Vallarta, Jalisco. En aquella ocasión fueron retenidos Jesús Alfredo Guzmán Salazar e Iván Archivaldo Guzmán.
En agosto de aquel año, sucedió lo que pudo haber desatado la peor de las guerras entre los cárteles de la droga: un comando armado irrumpió en La Leche mientras varios de Los Chapitos cenaban, y los agredieron físicamente, aunque finalmente “les perdonaron la vida”, como detalló posteriormente Archivaldo. En el lugar fueron amagadas 18 personas, de las cuales seis fueron capturadas incluidos los hijos del Chapo.
En una entrevista de 2018 al semanario belga Knack, Iván se negó a aclarar quién los había secuestrado. “No mencionaré nombre. La única lección que aprendí de esto es que no puedo confiar en nadie, ni siquiera en mi propia sombra. Afortunadamente las personas que me secuestraron me perdonaron la vida. Esta es la única razón por la que todavía estoy con mi familia y amigos”, relató.
El lugar estaba resguardado por al menos 16 escoltas de los herederos Guzmán, pero fueron superados en número por los rivales, que eran aproximadamente unos 50 hombres.
En ese momento, el CJNG no solamente le disputada plazas al de Sinaloa, sino que al interior del cártel fundado por el Chapo Guzmán había una disputa con el grupo de Los Dámasos, encabezado por Dámaso López y su hijo, Dámaso López Serrano, alias el Mini Lic, que había iniciado una batalla para quitar el mando al Mayo Zambada y a Los Chapitos.
Cinco días después, los hijos del capo fueron liberados. Las primeras versiones señalaron que en la negociación habían participado, además de Zambada, Rafael Caro Quintero, uno de los fundadores del extinto Cártel de Guadalajara, y el mismo gobierno mexicano que buscaba evitar un baño de sangre en caso de que no salieron ilesos.
El semanario Ríodoce, de Sinaloa, publicó que después del secuestro Rubén Oseguera “El Menchito”, hijo de “El Mencho”, quien está preso desde 2015, fue confinado y puesto bajo presión permanente hasta que Los Chapitos fueron liberados. El Cártel de Sinaloa habría aplicado la amenaza de que si los hijos de Guzmán Loera no aparecían con vida aplicarían la ley del “ojo por ojo, diente por diente”.