Durante el año que estuvo desaparecido el ARA San Juan fueron varias las hipótesis que se hicieron públicas respecto a qué pudo haber ocurrido para que un submarino de ese tamaño, con 44 tripulantes, se haya perdido sin ninguna explicación. La embarcación finalmente fue hallada a 907 metros de profundidad, a unos 500 kilómetros del Golfo San Jorge, a la altura de Comodoro Rivadavia.
El fuego
Una de las primeras hipótesis que difundió la Armada Argentina fue un incendio en el compartimiento de baterías causó una acumulación de hidrógeno, la cual derivó en una explosión que abrió el casco, permitiendo el ingreso de agua y causando el hundimiento. Un evento con fuego fue confirmado en el último mensaje emitido desde el submarino.
"Ingreso de agua de mar por sistema de ventilación al tanque de baterías N°3 ocasionó cortocircuito y principio de incendio en el balcón de barras de baterías. Baterías de proa fuera de servicio. Al momento en inmersión, propulsando con circuito dividido. Sin novedades de personal, mantendré informado", fue el mensaje. La comunicación se hizo a las 8:52 de la mañana del 15 de noviembre de 2017, cuando desapareció el buque. Dos días después se inició la búsqueda. Una investigación estableció que se había reanudado el incendio y se había producido la mencionada explosión.
¿Explosión o implosión?
Según reportó tanto la marina de los Estados Unidos como la Organización del Tratado de Prohibición Completa de los Ensayos Nucleares (CTBTO, por sus siglas en inglés), el 15 de noviembre de 2017 se registró "un evento violento consistente con una explosión". Si bien la Armada lo negó en su momento, terminó reconociendo que el evento existió, al que definió como una "anomalía hidroacústica". Expertos sostienen que en realidad se trató de una implosión ocasionada tras el evento del fuego debido al aplastamiento que sufrió el submarino ante la diferencia de presión producida al descender a una profundidad mayor a la que soportaba.
Ataque del Reino Unido o China
Entre las teorías más disparatadas se alimentó la posibilidad de que el submarino haya sido atacado. Al estar cerca de la zona de las Islas Malvinas, fuertemente militarizada por Gran Bretaña, se barajó la probabilidad de que el sumergible haya recibido el impacto de un torpedo de la marina británica. La hipótesis sostenía que el submarino argentino estuvo realizando supuesta maniobras de espionaje y fue atacado en represalia. También se dijo que pudo haber sido chocado por un pesquero ilegal chino. Esto último es poco probable ya que el espesor el casco del ARA San Juan es muy superior al de cualquier barco dedicado a la pesca. El gobierno y la Armada negaron en varias ocasiones ambas posibilidades.
La teoría del "fuego amigo"
En línea con lo anterior, se aseguró también que el sumergible argentino pudo haber sido impactado por error al quedar en medio de ejercicios militares de la armada norteamericana, incluso junto con la británica.
La mina submarina
También se dijo que el hundimiento pudo haber sido originado por una mina submarina, que fue instalada durante la Guerra de las Malvinas. El artefacto podría haber perdido sus amarras y quedó en el mar hasta hacer contacto con el ARA San Juan. La Armada dijo que "no hay indicios de ataque externo ni de mina submarina que haya producido la explosión.
Las malas condiciones para navegar
Una comisión ordenada por el Ministerio de Defensa negó la posibilidad de que el submarino no haya estado en condiciones para navegar, tal como se dijo en un principio. Para esto se basaron en un informe del propio capitán del ARA San Juan de septiembre de 2017, en el que decía que la nave no tuvo problemas ni antes ni durante las tareas de adiestramiento.