Una publicación cuestiona la utilidad del test de PCR como herramienta de salud pública

PCR son las siglas por las que se conoce a la reacción en cadena de la polimerasa (en inglés Polymerase Chain Reaction), una técnica científica avanzada que fue inventada por el bioquímico norteameticano Kary Mullis en 1985 y que le valió el Premio Nobel de Medicina en el año 93, y que se basa en las características de estabilidad al calor de una enzima polimerasa.

Cierto es que desde que el COVID-19 hizo su desembarco en el planeta, los términos PCR, hisopado, testeo se volvieron moneda corriente no sólo para quienes se dedican al análisis de muestras sino también para el resto de los mortales. Es que la técnica se volvió “la” herramienta por excelencia para diagnosticar casos de coronavirus, y sobre la base de sus resultados definir políticas sanitarias en todo el mundo.

A más hisopados positivos, más restricciones a la circulación, cierres de burbujas en los colegios, nuevos protocolos en los lugares de trabajo. La vida toda supeditada a lo que indicara el test.

Pero, ¿es el test de PCR el gold standard para detectar COVID-19? ¿Puede considerarse instrumento suficiente para basar en sus resultados decisiones como cierres o aperturas de países? ¿Cuán sensible y específica es la prueba de PCR para detectar COVID-19?

Las dudas sobrevolaron desde el primer momento, pero recién ahora, el farmacéutico, bioquímico y biólogo médico especialista en Virología Pablo Goldschmidt publicó un estudio en el que dejó ver que “los resultados positivos de la rRT-PCR revelan la presencia de ARN viral, pero no predicen la virulencia ni la transmisibilidad, ni tampoco descartan infecciones bacterianas o coinfecciones con otros virus”. Para él, “esta confusión pudo haber llevado a considerar la existencia de ‘numerosísimos casos infectados’ cuando en realidad se trataba del número de pruebas con resultados positivos”.

“En la ciudad de Nueva York, los estudios en los que la rRT-PCR para detectar la presencia del genoma viral fue seguida por la detección de anticuerpos anti-SARS-CoV-2, demostraron que de los 624 participantes con síntomas de COVID-19 confirmados, todos menos tres produjeron anticuerpos específicos contra la proteína de la espícula del SARS-CoV-2, mientras que la seroconversión pudo verificarse sólo en el 37% de personas rRT-PCR positivos con sospecha de infección. Estos resultados sugieren que en esos casos, las conclusiones referidas a la presencia del virus fueron erróneas”, resumió el especialista argentino que desde hace años se desempeña en Francia en las conclusiones de su trabajo “Dificultades en la detección de genomas del nuevo coronavirus 2 (SARS-CoV-2)”.

Y agregó: “Las rRT-PCR positivas realizadas con muestras de personas en estrecho contacto con pacientes con COVID-19 en Jiangsu (China) se correlacionaron con imágenes torácicas patognomónicas en el 50% de los sujetos asintomáticos, y ninguno de los pacientes asintomáticos desarrolló neumonía grave o murió. Por otra parte, en los sujetos asintomáticos con rRT-PCR positiva, los resultados de laboratorio fueron normales en 55% de los casos y la disminución de los linfocitos circulantes (uno de los marcadores de infección viral) se observó solo en el 16%. Los niveles de la proteína C reactiva (marcador biológico de inflamación) estaban ligeramente por encima del rango normal y solo en el 14% de los casos. Los resultados de estos estudios sugieren que un número importante de rRT-PCR positivas en personas asintomáticas no fueron indicadoras de la infección por el SARS-CoV-2. Sobre este punto, cabe destacar que, desde el inicio de 2020, el Centro de Control y Prevención de Enfermedades de los Estados Unidos y otros entes sanitarios internacionales retiraron del comercio varios kits por la tasa elevada de resultados falsos sin haber adicionado aún los riesgos del muestreo ni del procesamiento de las muestras. De lo mencionado se infiere que, para los individuos asintomáticos en los que no se detecten anticuerpos dirigidos contra el SARS-CoV-2, la interpretación de los resultados positivos de las pruebas de rRT-PCR requiere extrema cautela”.

Sobre estas cuestiones, Infobae consultó a tres bioquímicas para conocer su opinión sobre el rol del hallazgo del bioquímico norteameticano Kary Mullis en el manejo de la pandemia.

Para comenzar, se buscó definir dos conceptos clave al hablar de un método diagnóstico como lo son la sensibilidad y especificidad.

“La sensibilidad de una técnica diagnóstica se define como la mínima cantidad que esa técnica puede detectar de una sustancia o analito (componente de interés analítico de una muestra) determinado distinguiéndose de cantidades similares superiores”, explicó Patricia Fernández bioquímica y magíster en Psicoinmunoneuroendocrinología (MP 5936). Y ejemplificó: “El velocímetro del auto empieza a marcar en 20 kilómetros por hora, eso quiere decir que si voy a 10 no lo voy a saber porque el velocímetro no puede distinguir entre 10 y 20 porque son cantidades muy pequeñas; de eso se trata la sensibilidad”. En tanto la especificidad analítica de una prueba es aquella que hace que esa prueba detecte exclusivamente una determinada sustancia u otro analito y que no la confunda con otra que es muy parecida en su estructura química, o en el caso de un virus u otro microorganismo que sean muy parecidos en ciertas estructuras -puntualizó-. En especial para la PCR lo que es importante saber hoy es si esta prueba detecta exclusivamente material genético del llamado SARS-CoV-2 o si puede haber confusión con otros coronavirus que nosotros tenemos naturalmente en los pulmones”.

Según agregó la bioquímica y microbióloga Mariana Salmeron (MN 8930 - MP 1402), “esos dos parámetros los informa el fabricante de esa técnica comparándola con lo que se llama estándar de oro, que se puede considerar la mejor técnica que se dispone hasta el momento para detectar determinada condición o patología o también puede usarse como patrón de oro la definición clínica”.

Y tras señalar que “con respecto a la PCR y el COVID-19 hay que tener presente primero que la PCR detecta un fragmento genético de un virus; no es una técnica que diagnostique COVID a pesar de que así se la haya asimilado”, aclaró: “Una cosa es que una técnica detecte un segmento viral y otra es que haga un diagnóstico, y en absoluto con PCR puede hacerse un diagnóstico de COVID porque además atendiendo a las mismas definiciones de la Organización Mundial de la Salud, el COVID es un cuadro clínico con determinadas características de signos y síntomas, que a su vez también es una definición muy vaga y que se incluye en otras enfermedades que no son COVID. Entonces una cosa es el cuadro clínico y otra que la PCR de una persona dé positivo porque detecta un segmento genético de un virus, son dos cosas distintas”.

Cómo funciona y qué detecta la PCR

Fernández consideró que “la prueba PCR es una excelente prueba diagnóstica y un adelanto de la tecnología; tiene un límite de detección muy bajo, es decir que puede detectar una secuencia de material genético que esté en muy baja cantidad, incluso puede detectar una sola hebra de esa secuencia que está buscando”.

Y cual docente que explica a un alumno esclareció algunas cuestiones básicas: “El material genético está compuesto por repeticiones de nucleótidos y a estos nucleótidos lo que los diferencia son las bases nitrogenadas (serían las letras que se repiten en un cierto orden en la hebra que estamos buscando). En este caso, como la PCR busca el ARN (el ácido ribonucleico del que se supone está compuesto el genoma del virus) las letras que va a buscar son la A de adenina, la U de urasilo, la C de citosina y la G de guanina, las cuales se repiten formando una hebra de estos nucleótidos enlazados por enlaces químicos fuertes. Por ejemplo, una hebra, que es como un collarcito, puede ser C-C-G-A-U-C-G-G-G-U-A-A todo así en un cierto orden. Y lo que busca la PCR es unas entre 100 y 200 de estas letras en ese orden”.

Entonces, “lo que determina la especificidad es que la prueba está detectando esa secuencia y no otra -aseguró-. Podemos tener secuencias similares a esas en un tejido contaminado y la PCR puede estar detectándolas en lugar de la que es del virus”.

Para ella, “la gran confusión que hay por parte de los trabajadores de la salud con respecto a la microbiología tiene que ver con que hasta hace muy poquito tiempo se pensaba que el pulmón era un tejido estéril, es decir, libre de gérmenes, pero eso era a la ‘vista’ de la sensibilidad de las técnicas tradicionales de cultivo y microscopía óptica”.

“Sin embargo, debido al Proyecto de Microbioma Humano o el Consorcio de Microbioma Humano que están funcionando desde 2008 se supo que el pulmón es un tejido absolutamente contaminado y que existen millones de especies de microorganismos allí conviviendo. Pero esto se sabe desde hace poco tiempo por la aplicación de técnicas moleculares como la PCR -aclaró la especialista-. Entonces, si aplico técnicas moleculares para observar si hay microorganismos en el pulmón, el concepto equivocado es pensar en función del antiguo método de cultivo y microscopía óptica que ese órgano es estéril y que el sólo hecho de detectar un pedacito de material genético de un virus es indicativo de que allí hay infección”.

Fernández consideró que “eso es equivalente a aplicar un criterio microbiológico de presencia o ausencia de microorganismos de cultivo”. “Pero no estoy aplicando el criterio microbiológico para la PCR, ya que si por PCR se dice que se detectó un virus o bacteria, es imposible saber cuál de los millones que allí habitan es el que está produciendo el problema”. Y ahí, para ella, “está la gran confusión de la PCR, que es aplicar un criterio de la microbiología tradicional a una técnica de biología molecular que es muchísimo más sensible”.

En ese sentido, Salmeron señaló: “Puede decirse que la PCR es muy sensible porque detecta muy bien el segmento genético, pero esa sensibilidad que tiene técnicamente excede la utilidad clínica en el sentido de que tener una PCR positiva no necesariamente indica que el paciente está infectado o que tiene un cuadro clínico, está enfermo o va a contagiar porque la PCR detecta segmentos genéticos, no diagnostica un cuadro de COVID”.

Mariel Alejandre es bioquímica (MN 8376), doctora de la Universidad de Buenos Aires (UBA) y vicepresidenta Obra Social de Farmacéuticos y Bioquímicos y sobre esto opinó que “la PCR es la técnica más sensible y más específica con la que se cuenta para detectar COVID-19, lo que pasa es que hay que tener en cuenta cuándo usarla, con quién y cuándo repetirla”.

Para la además docente de la Facultad de Farmacia y Bioquímica de la UBA, “como herramienta de salud pública, la realidad es que no se puede ir pesquisando con esta técnica por todos lados porque la mayoría de las personas que se contactan con el SARS-CoV-2 permanecen asintomáticas y no se enteran, por lo que ir con la técnica tratando de detectar COVID para sobre esa base delinear medidas de salud pública puede resultar ineficaz”.

“En general al diagnóstico se arriba combinando técnicas de laboratorio (y no sólo una, sino sumando por ejemplo una técnica de imágenes como una placa radiográfica o una tomografía) y un cuadro clínico, más la epidemiología -agregó Salmeron-. Nunca una técnica por sí sola define un diagnóstico y eso es lo que se hizo mal en el manejo de la pandemia: equiparar PCR positiva con caso de COVID cuando en realidad no son lo mismo”.

Y tras destacar que “si bien se tomó a la prueba arbitrariamente como gold standard para comparar todos los otros métodos que han ido saliendo como por ejemplo los serológicos o el test de antígeno, tradicionalmente en virología lo que se utiliza como gold standard para determinar la presencia de un virus infectivo y viable es un cultivo viral en líneas celulares, pero en esta pandemia se han hecho muchas cosas irregulares y se tomó como estándar de oro a la PCR, todo se compara con la PCR”.

Virtudes y defectos de la técnica

En palabras de Salmeron, “la principal virtud de la técnica PCR aplicada al diagnóstico clínico y específicamente en este caso al diagnóstico de infecciones virales es la rapidez y la especificidad, que permite a través de la búsqueda de segmentos genéticos de un germen encontrarlo en menos tiempo que el que implica un cultivo”.

Si bien para ella desde lo técnico tiene muchas ventajas, “la principal desventaja es la mala interpretación de su resultado en el sentido de que la PCR detecta cantidades ínfimas del patógeno porque hace una amplificación de su material genético y por lo tanto no siempre la detección de estos está asociado a un cuadro clínico e incluso no siempre está asociado a que haya una infección”. En ese sentido aclaró: “Puede ser que la PCR dé positivo pero que no haya infección, la persona no sea contagiosa y que simplemente se detectó un segmento genético que entró en contacto con la mucosa de la persona pero que no necesariamente llegó a efectivizar una infección y por supuesto en ningún caso la persona es contagiosa”.

“Y acá se deriva también que utilizar los resultados de PCR para tomar conductas como cierres de fronteras o decisiones que afectan la salud pública o las actividades de toda una sociedad no es correcto porque se está sobrevalorando el resultado de la PCR positiva”, consideró.

En opinión de Alejandre, “los resultados del test de PCR no son una herramienta que permita definir aperturas y cierres, primero porque lo que importa (más que una PCR positiva) es que el paciente tenga la enfermedad porque se pueden tener positivos por contaminaciones, positivos sin que el paciente desarrolle COVID-19 porque se lo hisopó justo cuando tenía algo de virus en sus fosas nasales aunque sea asintomático”. “La cantidad de PCR positiva en sí no define enfermedad; lo que la define son los síntomas y signos clínicos atribuibles al SARS-CoV-2”, subrayó.

Es que, para ella, “también juegan un rol las contaminaciones, y los problemas que generan los falsos positivos o los falsos negativos”. “La PCR no es una herramienta para testear epidemiológicamente a la población -consideró-. En ese sentido, la mejor estrategia epidemiológica es testear a la gente mediante anticuerpos, ya que, por ejemplo en una persona que es asintomática no hay manera de saber en qué momento va a tener el virus en las cavidades nasofaríngeas y orofaríngeas que es donde se toma la muestra para los hisopados. Además, la cantidad de virus va a ser mínima entonces puede no dar reacción positiva porque se necesita tener una cantidad de muestra tal que la reacción alcance para dar positivo (y eso que es la técnica más sensible que tenemos)”.

“En realidad las PCR están indicadas para los pacientes que presentan los síntomas y signos clínicos de la enfermedad”, manifestó Alejandre, para quien “si un paciente en el contexto de una pandemia con alguno de los múltiples síntomas consulta, ahí la PCR va a ser la indicación, pero no debiera ser la técnica de elección cuando se quiera evaluar circulación viral y saber cuánta gente (que va a ser la mayoría) se contactó con el virus pero sin desarrollar síntomas”.

En ese caso, para ella, “las pruebas de detección de anticuerpos mediante muestras de sangre permitirán detectar si la persona tiene defensas contra el virus”.

Sobre este punto, entre las conclusiones de su publicación, Goldshmidt aseguró que “las rRT-PCR son instrumentos de referencia y no son por sí mismos la prueba exclusiva de infección ni de riesgo para la salud pública (especialmente los resultados positivos en personas no expuestas asintomáticas o negativos repetidos en personas expuestas)”.

Para él, además, “el miedo a una enfermedad falsamente detectada puede dar lugar a tratamientos innecesarios y a un aumento de la ansiedad social”.

Sobre falsos positivos y negativos

En palabras de Salmeron, “para la PCR como para cualquier técnica de laboratorio siempre hay un porcentaje de falsos positivos y falsos negativos”. “En el caso de la PCR puede haber falsos negativos por un timming inadecuado en la toma de muestra desde el inicio de los síntomas, o por algún problema inherente de la técnica en sí -precisó-. Además, dado que todos los virus mutan (más los de ARN) si una mutación puntual afecta la secuencia que reconoce los reactivos puede ser que éstos no la reconozcan por más que el virus esté”.

También puede “degradarse el material genético por condiciones de transporte y almacenamiento de la muestra inadecuada o porque la toma de la muestra fue incorrecta”, factores que también llevarán a falsos negativos.

“Los falsos positivos pueden darse más frecuentemente por contaminación de alguno de los materiales que se utiliza en el procedimiento de la reacción y en el marco de una pandemia en que la contaminación de los espacios puede estar exacerbada, la contaminación cruzada puede darse más que en otro momento”, apuntó Alejandre.

A lo que Salmeron agregó: “Los falsos positivos, sobre todo cuando se hace un procesamiento masivo de muestras como ocurrió en esta pandemia, ya que nunca antes se habían procesado muestras respiratorias en la cantidad que se hizo este año, aumenta muchísimo el riesgo de contaminaciones cruzadas. La técnica de PCR es una técnica sensible en la que se amplifica material genético por lo que con que una microgota de una muestra positiva contamine una muestra negativa va a hacer que la muestra negativa dé positivo”.

“Se requieren muchos cuidados para hacer la técnica para evitar estas contaminaciones cruzadas -insistió-. En esta pandemia, con tanto profesional entrenado de urgencia para hacer la técnica, seguramente hubo muchos errores de contaminación cruzada”. Asimismo, remarcó que “en cuanto a lo técnico, después están los falsos positivos de interpretación en el sentido de que puede ser que la muestra haya tenido esa secuencia genética y la PCR dé positivo porque la secuencia está pero aun así eso no se correlaciona con un cuadro clínico de COVID ni tampoco que la persona está cursando una infección o es infectiva. Esos serían falsos positivos del diagnóstico”.

El estudio de Pablo Goldschmidt

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