Охотник на вирусы: как работает известный вирусолог, называющий себя «Форрест Гамп COVID»

Как только Эдвард Холмс увидел темные глаза енотовидных собак, смотрящих на него через решетки железной клетки, он понял, что должен запечатлеть момент. Это было в октябре 2014 года. Холмс, биолог из Сиднейского университета, отправился в Китай, чтобы изучить сотни видов животных на предмет новых типов вирусов.

Во время визита в Ухань, торговый центр с населением 11 миллионов человек, ученые из городского Центра по контролю и профилактике заболеваний отвели его на оптовый рынок морепродуктов Хуанань. В одном ларьке за другим в душном пространстве он видел живых диких животных (змей, барсуков, ондарей, птиц), продаваемых в пищу. Но именно енотовидные собаки заставили его достать мобильный телефон, чтобы запечатлеть реальность.

Будучи одним из мировых экспертов по эволюции вирусов, Холмс прекрасно понимал, как вирусы могут переходить от одного вида к другому, иногда со смертельными последствиями. Вспышка атипичной пневмонии 2002 года была вызвана коронавирусом летучих мышей в Китае, который заразил некоторые виды диких млекопитающих до заражения людей. Среди основных подозреваемых есть промежуточное животное: енотовидная собака.

«Вы не могли получить лучший пример из учебника о начале заболевания, которое должно произойти», - сказал 57-летний Холмс в интервью. Англичанин изо всех сил старался не привлекать к себе внимания, когда сфотографировал енотовидных собак, которые выглядят как длинноногие еноты, но более тесно связаны с лисами. Затем он сделал еще несколько снимков других животных в собственных клетках. Когда продавец начал избивать одного из существ, он положил телефон в карман и убежал. Или, по крайней мере, это то, что гарантирует профиль специалиста, опубликованный The New York Times в рамках ее специальных профилей в области науки.

Фотографии выцвели из его разума до последнего дня 2019 года. Во время серфинга в Твиттере из дома в Сиднее она узнала о тревожной вспышке в Ухане: пневмонии, похожей на SARS, с ранними случаями, связанными с рынком Хуанань. «Енотовидные собаки», - подумал он.

«Это была пандемия, которая ждала, а потом это произошло», - сказал он. С этого дня его втянуло в вихрь открытий и споров, связанных с происхождением вируса, что заставило его почувствовать себя «Форрестом Гампом коронавируса», - пошутил он.

Он и китайский коллега первыми поделились геномом нового коронавируса с миром. Затем он обнаружил важные подсказки о том, как патоген, вероятно, эволюционировал из коронавируса летучих мышей.

А в спорных геополитических дебатах о том, мог ли вирус просочиться из лаборатории в Ухане, Холмс стал одним из самых сильных сторонников противоположной теории: вирус пролился от дикого животного. Вместе с коллегами из США он недавно опубликовал заманчивые подсказки о том, что енотовидные собаки, содержащиеся в той же железной клетке, которую он сфотографировал в 2014 году, могли спровоцировать пандемию.

Исследование, проведенное специалистом в области COVID-19, принесло ему международное признание, в том числе самую важную научную награду Австралии. Но он также получил утверждения о том, что его расследование контролировалось китайскими военными, наряду с потоком атак на социальные сети и даже угрозами убийством. Несмотря ни на что, Холмс продолжал публиковать поток исследований коронавируса. Его давние коллеги связывают его постоянное производство в нестабильные времена с исключительной способностью формировать великие научные команды и готовностью погружаться в спорные дебаты.

«Он правильный человек с правильным мышлением, потому что он может быть открытым, вовлеченным и думать, а не быть защитным», - сказал Пардис Сабети, генетик из Broad Institute и Гарварда MIT. Между тем американский исследователь, кардиолог и генетик Эрик Топол, нынешний главный редактор Medscape, отметил в своем аккаунте в Twitter против Холмса: «Он называет себя «Форрестом Гампом коронавируса», и это что угодно, кроме этого».

Охота на вирусы

Холмс изучал эволюцию обезьян и людей, а затем обратился к вирусам. За три десятилетия работы в Эдинбурге, Оксфорде, Пенсильвании и, наконец, Сиднее Холмс опубликовал более 600 статей об эволюции вирусов, включая ВИЧ, грипп и лихорадку Эбола.

Когда его пригласили в Сиднейский университет в 2012 году, он воспользовался возможностью обратиться в Азию, где опасался, что торговля дикими животными может спровоцировать новую пандемию. «Он идет туда, где огонь», - сказал Эндрю Рид, эволюционный биолог из Университета штата Пенсильвания, работавший с ним в то время.

Готовясь к переезду, Холмс получил неожиданное электронное письмо от китайского вирусолога по имени Юнчжэнь Чжан, спросив его, не хочет ли он изучать вирусы вместе с ним в Китае. Их сотрудничество быстро расширилось до радикального поиска новых вирусов у сотен видов животных. Они изучали пауков, сорванных со стен хижин, и рыбу, вывезённую из Южно-Китайского моря.

Наконец, они обнаружили более 2000 новых для науки видов вирусов, среди которых много сюрпризов. Ученые привыкли считать, что вирусы гриппа в основном заражают птиц, например, что они могут передавать их млекопитающим, таким как мы. Но Холмс и Чжан обнаружили, что рыбы и лягушки также заражены гриппом. «Это было довольно показательно», — говорит Эндрю Рамбо, биолог-эволюционист из Эдинбургского университета, который не участвовал в опросах. «Разнообразие существующих вирусов огромно».

Во время одной из своих рекогносцировочных поездок в 2014 году два эксперта в партнерстве с учеными из Уханьского центра по контролю и профилактике заболеваний изучили животных в окружающей провинции Хубэй. Ученые CDC отвели их на рынок Хуанань, чтобы увидеть тревожный случай торговли дикими животными. После визита Холмс надеялся, что он и его коллеги смогут использовать методы генетического секвенирования, которые они разработали для своих обследований животных, чтобы искать вирусы у животных на рынке. Но его коллеги больше интересовались поиском вирусов у больных людей.

Так случилось, что вместе с Чжаном он начал работать с врачами центральной больницы Уханя, занимаясь поиском вирусной РНК в образцах легочной жидкости у людей с пневмонией. Благодаря этому сотрудничеству он был назначен приглашенным профессором Китайского центра по контролю и профилактике заболеваний с 2014 по 2020 год. В прошлом месяце Холмс и его коллеги опубликовали свой первый отчет о проекте, основанный на образцах 408 пациентов, собранных в 2016 и 2017 годах. Оказалось, что многие болели более чем одним вирусом, а некоторые также были заражены бактериями или грибками. Исследователи даже увидели свидетельства скрытой вспышки: шесть пациентов были инфицированы генетически идентичными энтеровирусами. Исследователи также продолжали изучать виросферу, изучая почву, отложения и фекалии животных со всего Китая. Но в конце декабря 2019 года эта работа прекратилась.

Появление COVID-19

Когда доктор Чжан услышал о новой пневмонии в Ухане, он попросил своих коллег из центральной больницы Уханя отправить ему легочную жидкость от пациента. Он прибыл 3 января и использовал методы, которые он и Холмс усовершенствовали для поиска вирусов. Два дня спустя его команда собрала геном нового коронавируса SARS-CoV-2. Другие научные группы в Китае также секвенировали вирус. Но ни одна из них не обнародовала это, потому что китайское правительство запретило ученым публиковать информацию об этом.

Чжан и Холмс начали писать статью о геноме, которая позже появится в журнале Nature. Чжан высмеял запрет и загрузил геном вируса в общедоступную базу данных, размещенную в Национальных институтах здравоохранения США, но потребовалась длительная проверка, поэтому потребовалось несколько дней без публикации информации в Интернете. Холмс призвал своего сотрудника найти другой способ поделиться геномом с миром. «Казалось, что это должно произойти», - сказал он.

10 января они согласились поделиться им на форуме для вирусологов, и Холмс разместил его в Интернете. По словам Джейсона Маклеллана, структурного биолога из Техасского университета в Остине, это решение стало поворотным моментом, который работал над технологией мРНК, использующей вакцину Moderna. Только с помощью этой генетической последовательности исследователи могут начать работу над тестами, лекарствами и вакцинами. До тех пор, по словам Маклеллана, такие ученые, как он, были похожи на бегунов в своих стартовых блоках, ожидая стартового пистолета. «Он взлетел в тот момент, когда Эдвард и Юнчжэнь опубликовали последовательность генома», - заметил он. «Твиттер сразу же наполнился волнением, произошел обмен электронными письмами и началась гонка».

Но по сообщениям китайских СМИ, Чжан заплатил цену за оспаривание информационного запрета своей страны. На следующий день после того, как секвенирование генома было введено в действие, его лабораторию в Шанхайском клиническом центре общественного здравоохранения было приказано закрыть, чтобы «исправить» ее. Позже Чжан настоял репортеру Nature, что этот шаг не является наказанием и что позже его лаборатория вновь открылась. Запросы эксперта по электронной почте прокомментировать историю The New York Times остались без ответа. А Холмс отказался комментировать текущую ситуацию доктора Чжана.

После секвенирования генома коронавируса Холмс с недоумением увидел некоторые фрагменты генетического материала, которые, по-видимому, были помещены туда генной инженерией. В телефонной конференции 1 февраля 2020 года ученый поделился своими опасениями с другими экспертами по вирусам, включая доктора Фрэнсиса Коллинза, директора NIH, и Энтони С. Фаучи, ведущего эксперта по инфекционным заболеваниям в США. Другие ученые объяснили в призыве, что эти характеристики генома могли легко возникнуть в результате естественной эволюции вирусов.

Вскоре после этого Холмс помог исследователям из Университета Гонконга проанализировать коронавирус, обнаруженный в панголине , который был тесно связанные с атипичной пневмонией SARS-CoV-2. Вирус был особенно похож на поверхностный белок, называемый пико, который вирус использует для проникновения в клетки. Обнаружение такой другой биологической подписи в вирусе диких животных укрепило уверенность эксперта в том, что SARS-CoV-2 не является продуктом генной инженерии. «Внезапно то, что кажется странным, явно естественно», - подчеркнул он.

Холмс и его коллеги изложили некоторые из этих выводов в письме, опубликованном в марте 2020 года. В том же месяце он опубликовал некоторые из своих фотографий животных в клетках на рынке Хуанань в комментарии, который он написал с доктором Чжаном, предположив, что это могло быть место разлива животных. Но идея о том, что вирус был разработан в лаборатории, продолжала набирать обороты, и вирусолог был атакован его работой с китайскими учеными.

В мае 2020 года австралийская газета Daily Telegraph связала ее с китайскими военными статьей под названием «Как Красная армия контролировала исследования коронавируса». Статья основывала свое утверждение на том факте, что два ученых, участвовавших в изучении панголина, имели вторичные связи с китайской военной лабораторией. Холмс, который сказал, что никогда не встречался с учеными, отметил, что они помогли секвенировать РНК из панголиновой ткани.

Университет Сиднея ответил от имени специалиста заявлением: «Мы решительно отстаиваем право наших исследователей на сотрудничество с ученых всего мира в соответствии со всеми соответствующими австралийскими правительственными законами и руководящими принципами». В университете отметили, что исследования эксперта полностью финансировались за счет австралийских грантов.

В конце 2020 года Всемирная организация здравоохранения организовала групповую поездку экспертов в Китай для расследования происхождения нового коронавируса. Холмс прислал им свои рыночные фотографии 2014 года, но они так и не попали в отчет ВОЗ. «Некоторые члены китайской делегации предположили, что я мог бы сделать эти снимки», — предупредил Холмс (Питер Дашак, президент Альянса экоздравоохранения и один из исследователей в отчете ВОЗ, подтвердил этот факт: китайские исследователи заявили, что фотографии «не поддаются проверке» и могли быть сфальсифицированы», — сказал Дашак).

Предотвращение разливов в будущем

В отчетах, опубликованных в прошлом месяце, Холмс и более 30 сотрудников проанализировали первые случаи COVID-19, обнаружили, что они были сгруппированы на рынке, и изучили мутации в первых образцах коронавируса. Крис Ньюман, биолог дикой природы Оксфордского университета и соавтор одного из исследований, рассказал, что его китайские коллеги видели несколько диких млекопитающих для продажи на рынке Хуанань в конце 2019 года. По словам эксперта, любой из них мог быть ответственен за пандемию. «Енотовидных собак пока нельзя тестировать, но они, безусловно, подозрительны», - сказал он.

Некоторые критики усомнились в том, насколько доктор Холмс и его коллеги могут быть уверены в том, что виновником было животное из Хуананя. Хотя многие из первых случаев нового коронавируса были связаны с рынком, возможно, что другие случаи пневмонии еще не были признаны ранними случаями COVID-19. «Мы все еще очень мало знаем о первых случаях заболевания, и, вероятно, есть и другие случаи, о которых мы не знаем, чтобы сделать окончательные выводы», — пояснила Филиппа Ленцос, эксперт по биобезопасности Королевского колледжа Лондона. «Я остаюсь открытым как для естественных косвенных эффектов, так и для источников, связанных с исследованиями».

Еще одна проблема: если зараженные животные действительно начали пандемию, их никогда не найдут. В январе 2020 года, когда на рынок прибыли исследователи из китайского CDC, все животные исчезли. Но Холмс утверждает, что существует более чем достаточно доказательств того, что рынки животных могут вызвать еще одну пандемию. В прошлом месяце он и его китайские коллеги опубликовали исследование 18 видов животных, которые часто продаются на рынках, добываются в дикой природе или на племенных фермах. «Они были абсолютно полны вирусов», - сказал он.

Было обнаружено более 100 вирусов, поражающих позвоночных, включая несколько потенциальных патогенов человека. Некоторые из этих вирусов недавно преодолели видовой барьер: птичий грипп, заражающий барсуков, коронавирусы собак, поражающие енотовидных собак. Некоторые животные также были заражены вирусами человека.

Самый простой способ снизить вероятность будущих пандемий, утверждал он, - провести подобные исследования на стыке между люди и дикая жизнь. Его собственный опыт обнаружения новых вирусов убедил его в том, что нет смысла пытаться каталогизировать все потенциальные угрозы для дикой природы. «Вы никогда не сможете протестировать каждый существующий вирус, а затем определить, какой из них может заразить людей. Я не думаю, что это осуществимо», - сказал он.

ПРОДОЛЖАЙТЕ ЧИТАТЬ: