La crisis desatada por la desaparición del submarino ARA San Juan comenzó, en realidad, el martes 14. La última comunicación de la nave con las autoridades en tierra fue en la mañana del miércoles 15, pero recién el jueves 16 por la tarde llegó a oídos del jefe de la Armada Marcelo Srur. El Gobierno se enteró por la noche, cuando fue publicado por Infobae. Aún ahora, tras conocerse que habría sufrido una explosión y con el operativo del rescate en marcha, siguen ocultando la secuencia que llevó a la tragedia a los 44 tripulantes del submarino.
La primera vez que las autoridades en tierra de la Armada Argentina tomaron conocimiento de que el submarino sufría una seria avería fue el martes 14 cerca de la medianoche. En esa comunicación, el capitán del ARA San Juan, Pedro Fernández, le informó a la base de Mar del Plata -desde donde había partido quince días antes- que tenía un "cortocircuito en la batería 3" de la sala de baterías de proa porque le entraba agua por el snorkel.
En los primeros minutos del miércoles 15, el capitán avisó a la base que el inconveniente había sido solucionado. Sin embargo, horas más tarde, volvió a llamar para decir que tenía un problema con las baterías en la proa. Nuevamente, en la madrugada volvió a informar que el inconveniente había sido resuelto.
Cerca de las 6 de la mañana, mediante el teléfono satelital Iridium, el ARA San Juan pidió un cambio de rumbo. A las 7.30 fue la última comunicación de la nave con tierra.
Para realizar las comunicaciones, el submarino debía emerger a nivel de snorkel. Sin embargo, como las aguas del Atlántico se encontraban "en condiciones 5/6" -lo que implica la existencia de olas de entre 6 y 8 metros-, cada vez que emergía era golpeado por las olas, por lo que se vio obligado a sumergirse, perdiendo la capacidad de impulsarse en modo diesel y con la mitad de sus baterías inutilizadas.
Tras el último contacto, la cúpula de la Armada intentó comunicarse por vía satelital, aunque sin lograrlo.
En el momento en el que el ARA San Juan denunció dificultades se encontraba a una distancia en línea recta con el Golfo San Jorge de menos de 300 kilómetros. Si se le hubiese ordenado que se dirigiera hacia allí, a la velocidad que navegaba a ese momento -entre 15 y 20 kilómetros por hora-, se cree que la nave podría haber alcanzado tierra. Sin embargo, recibió la orden de dirigirse a Mar del Plata.
Según la información que acercó la Organización del Tratado de Prohibición Completa de los Ensayos Nucleares, tres horas después de la última comunicación se produjo la explosión en el submarino.
Quienes recibían en tierra los partes enviados por el submarino no pensaron que su situación fuera grave. Por eso, demoraron en informárselo al jefe de la Armada, el almirante Marcelo Srur, quien se encontraba en Montevideo recibiendo una condecoración por los 200 años de la creación de la Marina uruguaya. Srur se enteró de la falta de comunicación con la nave recién el jueves por la tarde. Horas después, cuando ya asomaba la noche, el ministro Oscar Aguad leyó en Infobae que el buque estaba desaparecido en el Atlántico Sur.
Con esta información en su poder, el Gobierno está investigando el accionar de la cúpula de la Armada, que podría sufrir cambios una vez superada la crisis. En el día de hoy, en efecto, se conoció que la fuerza aceptó el pedido de pase a retiro que había pedido hace tres días el contraalmirante Gabriel González, quien estaba a cargo de comandante del Área Naval Atlántica de la cual depende la base de Mar del Plata.
Todas las conversaciones entre la nave y la base están grabadas, y todos los partes deberían estar archivados, por lo que el Gobierno espera acceder a ese material clave para empezar a deslindar responsabilidades dentro de la Armada. Desde que Infobae dio a conocer la situación del ARA San Juan, la Armada mantuvo contactos con la prensa, en los que nunca hizo referencia a estos contactos previos.