La investigación para tratar de dilucidar qué pasó y cuál es el paradero de Santiago Maldonado tuvo hasta ahora varios obstáculos que impiden llegar a la verdad y a lo más importante: ubicar al joven tatuador que habría participado de la protesta mapuche.
Desde el inicio de la instrucción, el juez federal de Esquel, Guido Otranto, ordenó medidas tendientes a determinar la ubicación de Maldonado, tanto en el sitio donde habría sido visto por última vez el primero de agosto como en otros lugares y vehículos donde pudiera existir alguna evidencia de un eventual traslado.
En un informe que remitió al Ministerio de Justicia, la fiscal del caso, Silvina Alejandra Avila, manifestó que "no ha sido fácil recolectar elementos convictivos que tuvieran una entidad suficiente para determinar" qué pudo haber ocurrido con Santiago Maldonado.
Los relatos de quienes presentaron hábeas corpus no arrojaron un hilo conductor que permitiera establecer qué había acontecido y en qué circunstancias. Los testimonios que brindaron diversas personas mediáticamente bajo el anonimato jamás pudieron ser judicializados.
En la primera audiencia del 4 de agosto, convocada por el juez Otranto, el hermano de Santiago Maldonado entregó un "cuello polar" que le dieron los ocupantes de las tierras que habría usado el joven desaparecido. Al día siguiente, cuando intentaban realizar una búsqueda con perros, el magistrado se enteró de que la prenda la había usado al menos una persona más, además de Maldonado. En ese momento, una mujer mapuche le entregó una gorra que supuestamente habría usado el joven.
Ambas prendas –el cuello y la gorra– fueron entregadas por personas de la comunidad mapuche que se negaron a identificarse. Pese a que existían dudas sobre ambos elementos, dado que no existían certezas de que las hubiera usado Maldonado, se realizó el rastrillaje. Según el guía de los perros, las prendas aun contaminadas podrían servir para tener un rastro de olor del desaparecido.
El 5 de agosto por la tarde, la búsqueda de los perros tuvo que ser suspendida por la férrea oposición de la comunidad mapuche que no permitió que los canes cruzaran el río Chubut alegando que eso violentaba un espacio sagrado. El rastrillaje a ambos márgenes del curso de agua hubiera posibilitado confirmar o descartar la posibilidad de que Santiago Maldonado haya cruzado el río. Durante ese procedimiento, los perros no volvían hacia el lugar donde habían estado los vehículos de Gendarmería sino que una y otra vez regresaban a la orilla del río.
Como no se pudo avanzar por ese lado, la investigación se orientó a buscar evidencias sobre la posibilidad de que Gendarmería hubiera participado en la desaparición de Santiago Maldonado. Se levantaron huellas en distintos vehículos de la fuerza de seguridad y se realizaron rastrillajes con perros entrenados en el hallazgo de rastros de olor, evidencias biológicas y cadavéricas en los escuadrones de Esquel y de El Bolsón. Las mismas medidas se repitieron en el escuadrón 37 "José de San Martín". En uno de los camiones de la dependencia de Gendarmería de El Bolsón encontraron varios elementos, entre ellos una soga con una supuesta mancha de sangre y pelos que fueron sometidos a pericias sin conclusiones hasta ahora.
El 7 de agosto, un amigo de Maldonado –Ariel Mariotto Garzi– declaró, por sugerencia de la querella, sin reserva de identidad. El testigo entregó un buzo que, según sus dichos, pertenecía a Maldonado, pero cuando fue consultado sobre el origen y el domicilio del joven tatuador en El Bolsón no supo dar ningún dato al respecto. La División Búsqueda de Personas y Secuestros de la Policía Federal finalmente pudo dar con la vivienda de Maldonado en El Bolsón. Allí, los perros rastreadores detectaron pelos tipo rasta compatibles con una de las prendas. Además encontraron un estudio médico que se hizo Maldonado el 26 de junio de este año, o sea, al menos hasta esa fecha se presume que residía en ese lugar.
Desde el 14 de agosto la causa está bajo secreto de sumario por orden del juez Otranto, quien ordenó numerosas medidas de prueba además de las mencionadas. Aun así, Santiago Maldonado no aparece.