Onoda había llegado a la Isla de Lubang, Filipinas, el 26 de diciembre de 1944 como parte de un escuadrón especializado en la guerra de guerrillas. Su misión era destruir muelles, aeródromos y cualquier otro recurso que pudiera ser utilizado por el enemigo.
Este tipo de escuadrones le hicieron la vida imposible a los americanos en multitud de islas, pero en Lubang no lograron resistir el desembarco de la armada estadounidense el 28 de febrero de 1945.
Menos Onoda y tres hombres -Akatsu, Shimada, Kotsuka-, todos los soldados de su formación murieron aquel día.
El feroz guerrero ordenó a sus hombres que se ocultaran en las colinas, desde donde continuaron vigilados y al acecho de cualquier amenaza.
En octubre de 1945, miles de panfletos cayeron sobre Lubang. En ellos podía leerse: "La guerra terminó el 15 de Agosto de 1945, ¡Bajen de las montañas!".
Onoda y sus hombres consideraron los panfletos una trampa del enemigo. La guerra no podía haber terminado tan pronto y, si lo hubiera hecho, no lo anunciarían así, humillándose. Era un truco para lograr que bajaran de su escondite y aniquilarlos.
En diciembre, nuevos panfletos volvieron a caer, esta vez firmados por el general japonés Tomoyuki Yamashita. Onoda y sus hombres examinaron las notas con atención determinando, de nuevo, que se trataba de un engaño.
Cansado de todo, Yuichi Akatsu, uno de los soldados de Onoda se alejó del grupo en 1949, rindiéndose a las fuerzas del orden filipina en 1950.
Solo quedaban tres y cuatro años después, el soldado Shimada moría de un disparo efectuado por un grupo de rescate al que previamente habían atacado.
Los dos soldados sobrevivientes continuaron quemando campos de arroz y atacando puntos que consideraban estratégicos durante veinte años, hasta que el 20 de febrero de 1974, moría de dos disparos su último soldado. La policía filipina había acudido a sofocar uno de sus incendios, provocando un tiroteo, e hiriendo de muerte a Kotsuka.
Completamente solo, Onoda continuó adelante con su particular guerra, convirtiéndose en una pequeña leyenda local. Norio Suzuki, un estudiante japonés reconvertido en aventurero se propuso encontrarlo y lo hizo. Se hicieron amigos, pero Onoda se negó a abandonar su puesto. Según explicó, estaba cumpliendo órdenes y, mientras un superior no le relevara de su misión, allí continuaría.
Suzuki regresó a Japón llevando consigo diversas fotografías como prueba de vida del teniente Onoda y su misión.
Sorprendidos, el gobierno japonés envió a su antiguo superior, el mayor Taniguchi, quien ahora trabajaba de librero, hasta Lubang. Una vez allí, y acompañado por un grupo de civiles, miembros del gobierno y la prensa, localizó a Onoda y le ordenó rendirse.
El 9 de marzo de 1974, Onoda por fin se rendía, deponiendo su espada y su rifle de cerrojo Arisaka, el arma estándar del ejército japonés, que conservaba en perfecto estado de revista.
Fue, oficialmente, el último soldado en activo del Ejército Imperial Japonés y todas su pagas atrasadas le fueron abonadas.
Onoda escribió un libro sobre su estancia en la isla en la que contó sus aventuras y secretos. Estaba en perfecto estado de salud, en 30 años solo había guardado cama una vez y tenía todos los dientes, ya que los cepillaba a diario.
Sin embargo, no logró adaptarse a vivir de nuevo en sociedad, al menos no en una tan cambiada como Japón. El salto generacional, la tecnología y la falta de respeto de los jóvenes, le llevaron emigrar a Brasil donde se dedicó a la ganadería.
Tras la noticia de un adolescente japonés que había asesinado a sus propios padres, decidió regresar a Japón y tratar de hacer algo. Creó la Escuela Hiroo Onoda de supervivencia para jóvenes, en la que trató de inculcar valores a las nuevas generaciones. Murió en 2014, a la edad de 91 años.