Tant que les tests nasaux ou de la gorge sont encore utilisés pour obtenir le rejet de la COVID-19, la recherche pourrait montrer que ce n'est pas un point aussi judicieux.
Une étude menée par des scientifiques de Stanford Medicine de l'Université de Californie, aux États-Unis, a révélé que les personnes infectées peuvent éliminer le matériel génétique viral dans leurs selles jusqu'à sept mois après le diagnostic. Ceux qui en souffrent souffrent souvent de symptômes gastro-intestinaux persistants tels que nausées, vomissements et douleurs abdominales. L'étude, qui vient d'être publiée dans la revue spécialisée Cell, est la première à évaluer la présence d'ARN viral dans des échantillons fécaux d'individus atteints de COVID-19 légère à modérée qui sont collectés à plusieurs moments après leur maladie. Cela s'ajoute aux preuves croissantes que le virus SARS-CoV-2 infecte activement l'intestin.
« Les résultats n'impliquent pas qu'il existe une transmission fécale-orale du virus responsable de la COVID-19 », préviennent les chercheurs dans leur rapport. Mais les résultats mettent en évidence un réservoir viral possible qui pourrait expliquer en partie la constellation déconcertante de symptômes qui affectent une minorité de patients atteints de COVID-19 pendant des mois après leur infection initiale.
« Personne ne sait vraiment ce qui cause un COVID prolongé », a expliqué Ami Bhatt, professeur agrégé de médecine et de génétique à l'entité en charge de l'étude. Mais nos travaux montrent que le SARS-CoV-2 peut se cacher dans l'intestin pendant des mois. Peut-être que le COVID prolongé et la grande variété de symptômes qu'il provoque sont dus à la réponse du système immunitaire aux protéines virales présentes dans des réservoirs cachés dans tout le corps. Les personnes présentant principalement des symptômes gastro-intestinaux peuvent avoir une infection virale persistante dans les intestins, par exemple. D'autres personnes souffrant de confusion mentale communément appelée « brouillard mental » pourraient avoir une infection persistante de leur système nerveux », a spéculé Bhatt.
Ce spécialiste, qui étudie comment le microbiome, le vaste univers de bactéries qui tapissent la muqueuse de nos intestins, affecte la santé humaine, est impatient d'étudier si « l'empreinte intestinale » bactérienne d'un individu est affectée si le virus est éliminé et, dans ce cas, comment et pour comment long. Elle et ses collègues poursuivent leur étude de la propagation virale dans les échantillons fécaux dans le cadre de la Recover Initiative américaine parrainée par les National Institutes of Health des États-Unis.
L'équipe de recherche a profité d'un essai clinique initial lancé en mai 2020 sur un traitement possible : l'interféron lambda pour une infection légère à la COVID-19. Les participants à l'essai ont été surveillés afin de surveiller l'évolution de leurs symptômes ainsi que le degré et la localisation de l'excrétion virale. Des échantillons de matières fécales ont été prélevés auprès des participants à des moments précis.
Les chercheurs ont profité de l'essai sur l'interféron lambda parce que les participants étaient moins malades que les patients hospitalisés qui faisaient l'objet de nombreuses autres enquêtes à l'époque. Ils voulaient suivre ce qui se passait chez la plupart des patients, ceux qui souffraient d'une maladie légère.
Bhatt et ses collègues ont analysé des échantillons de 113 personnes à différents points après l'infection. Ils ont découvert qu'environ la moitié des cas légers à modérés de COVID-19 éliminaient le matériel génétique viral dans leurs selles une semaine après avoir été testés positifs pour le virus SARS-CoV-2.
Environ 13 % des personnes étaient encore en train d'éliminer l'ARN viral quatre mois plus tard, après avoir éliminé le virus de leurs voies respiratoires, et près de 4 % avaient de l'ARN viral dans leurs selles sept mois après l'infection initiale. L'élimination des selles était également corrélée aux symptômes gastro-intestinaux persistants du virus, notamment des nausées, des vomissements et des douleurs abdominales.
« La raison pour laquelle certaines personnes infectées présentent des symptômes gastro-intestinaux n'est pas claire », a suggéré Bhatt. Mais d'autres coronavirus sont connus pour infecter les intestins des animaux, de sorte que l'idée d'une infection continue n'est pas déraisonnable. »
Les scientifiques n'ont pas été en mesure d'isoler suffisamment d'ARN pour déterminer le variant viral des participants infectés, ou pour démontrer de manière concluante que les échantillons isolés d'un individu au début et à la fin provenaient de la même souche. Mais comme les échantillons ont été prélevés relativement tôt au cours de la pandémie, une réinfection par une deuxième souche ou variante au cours de l'étude était probablement peu probable, estiment les spécialistes. Les résultats ont des implications pour la surveillance des eaux usées que les scientifiques et les gouvernements utilisent pour déduire le nombre de cas de COVID-19 dans les villes et les comtés du pays. « Nous voyons clairement des quantités importantes et croissantes de sous-variante BA.2 d'Omicron dans les eaux usées à travers le pays », a déclaré Bhatt en faisant référence aux États-Unis. Dans le même temps, il a été rapporté qu'Omicron était plus susceptible de provoquer des symptômes gastro-intestinaux.
Cette augmentation des eaux usées est-elle donc vraiment proportionnelle au nombre de personnes infectées ? Ou est-ce que plus de personnes éliminent le virus dans leurs selles plus longtemps ? La compréhension de la dynamique de l'infection et de la propagation virales est essentielle à la planification. Il est difficile d'interpréter la surveillance des eaux usées si nous ne comprenons pas la biologie qui détermine qui se déverse, quand et quelle quantité. Au début de la pandémie, de nombreux médecins ont décidé que le SARS-CoV-2 n'infectait pas l'intestin, ce qui était dangereux pour notre compréhension », a-t-il conclu.
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