Lorsque, fin janvier dernier, la vague du variant du coronavirus Ómicron BA.1 reculait, les premiers cas avec une autre sous-variante avaient déjà été détectés. C'est l'Ómicron BA.2 qui a généré des pics de cas de COVID-19 en Asie, en Europe et maintenant en Amérique du Nord. Aujourd'hui, en Argentine, seule la sous-variante BA.2 est retrouvée dans moins de 1% des échantillons de patients atteints de COVID-19, selon le rapport d'avril de l'Institut ANLIS/Malbrán. 57 patients ont reçu un diagnostic de BA.2 Cependant, les tests ayant chuté de 65 % depuis la première semaine de mars et étant désormais limités aux groupes prioritaires, il est possible que la circulation accrue de cette sous-variante ne soit pas enregistrée par le système de surveillance.
Selon Anlis/Malbrán, la situation des variants du coronavirus SARS-CoV-2 est actuellement caractérisée par une circulation exclusive du variant Ómicron. C'est-à-dire qu'aujourd'hui, seul Ómicron circule. Finies les variantes telles que Gamma, qui prédominait entre mars et août de l'année dernière, et Delta, qui était la principale entre septembre et décembre dernier. Or, selon les analyses de surveillance génomique, Ómicron BA.1 prédomine et il y a très peu de BA.2 au moins dans les échantillons de patients qui arrivent à l'institut relevant du ministère de la Santé de la nation.
Au cours de la première semaine de mars 2022, « la proportion du variant Ómicron dans les cas sans antécédents de voyages internationaux ou liés à l'importation s'élève à 100%, ce qui implique que la proportion du variant Delta a continué de diminuer » dans tout le pays, parmi les échantillons analysés par séquençage génomique réalisé par chercheurs de l'Anlis/Malbran. « En ce qui concerne les sous-lignées des variants Ómicron, BA.1 et BA.1.1 sont fondamentalement identifiés tandis que BA.2 représente moins de 0,5 % des échantillons séquencés », ont-ils précisé dans le rapport.
De janvier 2021 au 3 avril, les chercheurs ont analysé 24 395 échantillons pour l'identification de variants dont 14442 ont été étudiés par séquençage génomique et 9 953 ont été détectés par RT-PCR (dépistage). Les échantillons comprennent des cas confirmés de COVID-19 sélectionnés pour une surveillance régulière des variants circulants dans la population générale, ou parce qu'il s'agit de maladies graves et inhabituelles, de personnes vaccinées, de cas suspects de réinfection et de voyageurs.
Le premier cas d'une personne atteinte du sublinage BA.2 d'Ómicron en Argentine était celui d'un homme de 62 ans atteint de COVID-19 résidant dans la ville de Buenos Aires. L'homme était revenu d'Uruguay le 12 janvier et deux jours plus tard, il a commencé à présenter des symptômes compatibles avec la maladie.
Dans le dernier rapport publié le 3 avril, il a été signalé que 57 personnes avaient reçu un diagnostic de COVID-19 et avaient la sous-lignée BA.2. Sur ce total, 42 résident à Buenos Aires et 14 d'entre eux ont voyagé.
Les autres étaient liés à des voyageurs ou faisaient l'objet d'une enquête. Pendant ce temps, 10 autres patients sur 57 diagnostiqués avec BA.2 venaient de la province de Buenos Aires, trois de Santa Fe, un de Santa Fe et un autre de Tucumán. Lundi dernier, le ministre de la Santé de Cordoue, Diego Cardozo, a annoncé que les premiers cas de patients atteints d'Ómicron BA.2 avaient été détectés dans cette juridiction.
Au-delà des rapports, il est possible qu'il y ait plus de cas de COVID-19 associés à la sous-variante, mais qu'ils ne soient ni déclarés ni analysés. Consultée par Infobae, Mariana Viegas, chercheuse en virologie au Conicet à l'hôpital pour enfants Ricardo Gutiérrez de Buenos Aires et coordinatrice du Country Project, le consortium de surveillance génomique du coronavirus du ministère de la Science, de la Technologie et de l'Innovation, a commenté : « En les quelques cas que nous analysons semaine après semaine, Ómicron BA.2 est détecté entre 25 % et 50 % des échantillons. C'est le rang pour le faible nombre de cas envoyés à la séquence et l'intervalle de confiance donne un large ».
Il y a quelques semaines, la directrice de l'Organisation panaméricaine de la santé, Carissa Etienne, avait averti que certains pays avaient modifié leurs stratégies en matière de dépistage de la COVID-19. La réduction du nombre de tests rend plus difficile l'obtention d'une image complète des variantes dans la région. Pour cette raison, le Dr Etienne a appelé à la poursuite des tests et à éviter « d'entrer aveuglément dans la prochaine vague ».
Alors que les cas et les décès dus à la COVID-19 ont diminué dans la plupart des pays des Amériques au cours des dernières semaines, le risque de nouvelles remontées ne peut être ignoré car les restrictions sont assouplies. Etienne a rappelé que « nous avons vu à maintes reprises comment la dynamique de l'infection en Europe se reflète ici, quelques semaines plus tard ». Au cours de la première semaine d'avril, le variant Ómicron BA.2 avait déjà été détecté dans 8,7 % des séquences signalées en Amérique du Sud.
En Argentine, les tests de dépistage de la COVID-19 ont battu des records au cours des premières semaines de janvier avec plus de 1,1 million par semaine compte tenu de l'ensemble de la pandémie. Ensuite, ils ont été réduits. Au cours de la première semaine de mars, 241 029 tests ont été effectués dans le pays, selon l'analyse du docteur en physique Jorge Aliaga, sur la base de données ouvertes du ministère de la Santé de la Nation. Au cours de la deuxième semaine d'avril, seuls 85 087 tests ont été effectués. En d'autres termes, le nombre de tests effectués pour diagnostiquer une infection à coronavirus a diminué de 65%.
« Le nombre de tests à lui seul n'indique pas si la courbe de la COVID-19 est à la hausse ou à la baisse. La positivité, c'est-à-dire les cas diagnostiqués avec une infection, doit également être prise en compte dans le cadre des tests. Si les tests diminuent et que la positivité est réduite ou maintenue, il y a moins de cas. S'il y a moins de tests et que la positivité augmente, il n'y a pas moins de cas », a déclaré Aliaga aujourd'hui. Dans la province de Buenos Aires, les tests ont diminué et la positivité a continué de baisser. En revanche, dans la ville de Buenos Aires, les tests ont chuté, mais la positivité a augmenté si la date d'apparition des symptômes de chaque personne diagnostiquée est prise en compte.
Désormais, il sera plus difficile de suivre minute par minute le coronavirus et ses sous-variantes en Argentine. Toutes les personnes présentant des symptômes ne seront pas testées. Par consensus avec le Conseil fédéral de la santé (COFESA), le portefeuille national dirigé par Carla Vizzotti a annoncé que le diagnostic de COVID-19 sera prioritaire chez les personnes de plus de 50 ans et à risque ; populations particulières résidant, travaillant ou fréquentant les prisons, les établissements de santé, les centres avec des personnes institutionnalisés, et les personnes qui travaillent ou s'occupent de personnes vulnérables.
Des tests peuvent également être effectués sur des personnes ayant voyagé au cours des 14 derniers jours dans une région dans laquelle circule une variante d'intérêt ou de préoccupation qui ne circule pas dans le pays ; des personnes souffrant d'une maladie grave (hospitalisée), ou de décès et de cas inhabituels ; et à l'occasion d'une enquête et d'un contrôle de épidémies.
Que pourrait-il se passer au cours des prochaines semaines ? « La sous-lignée Ómicron BA.2 pourrait augmenter sa circulation en Argentine, mais elle n'aurait pas d'impact grave comme d'autres variantes l'ont fait auparavant », a déclaré à Infobae Roberto Debbag, président de la Société latino-américaine des maladies infectieuses pédiatriques. « À l'heure actuelle, l'Argentine devrait continuer à renforcer la surveillance génomique et à mettre en œuvre des stratégies de vaccination contre la COVID-19 pour des groupes spécifiques, tels que les groupes immunodéprimés. »
L'expert a également estimé que davantage de campagnes de communication devraient être menées pour s'assurer que les personnes retournent aux examens médicaux et que la vaccination des enfants et des adultes est accessible pour d'autres maladies, car la couverture a diminué dans le contexte de la pandémie. La baisse de la couverture vaccinale « pourrait entraîner la résurgence de maladies telles que l'infection par la bactérie Haemophilus influenzae », a déclaré Debbag.
« Maintenant, il est presque impossible de savoir quelle quantité de coronavirus circule en Argentine, car les changements dans les critères de dépistage entraînent moins de personnes qui les pratiquent. La situation a été aggravée par l'épidémie de grippe, car tout le monde suppose que ce n'est pas le COVID. Pour y remédier, les données de surveillance du coronavirus dans le réseau d'égouts pourraient être améliorées et rendues publiques et il est nécessaire de promouvoir que la population générale qui ne l'a pas fait jusqu'à présent appliquera la première dose de rappel et que les groupes prioritaires appliqueront le second renforcement », a déclaré le Dr. Rodrigo Quiroga, chercheur en bioinformatique au Conicet et à l'Université nationale de Cordoue.
La semaine dernière, 82 % de la population argentine avait suivi le schéma posologique primaire complet. Mais 30,8 % de la population n'était toujours pas allée recevoir la première dose de rappel. Comme indiqué à Infobae par le Sous - Secrétaire aux stratégies sanitaires du Ministère de la santé de la nation, Juan Manuel Castelli, jusqu'à mercredi de la semaine dernière, la première dose de rappel avait été appliquée à 16 754 328 personnes dans le pays. Il y a 13 997 424 personnes qui devraient être vaccinées dès que possible avec la dose de rappel, car cela fait plus de 120 jours qu'elles ont reçu le schéma initial.
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