Plus de 500 millions de cas de personnes atteintes de COVID-19 ont déjà été confirmés depuis le début de la pandémie et 6,1 millions de décès. Bien que le nombre de décès diminue dans le monde, la variante Ómicron du coronavirus, qui cause la plupart des cas aujourd'hui, continue de circuler dans le monde entier. Ses derniers sous-variants identifiés, appelés BA.4 et BA.5 , ont déjà été détectés dans neuf les pays et les scientifiques disent qu'il y a une surveillance, mais calmement.
L'un des chercheurs est le scientifique brésilien Tulio de Oliveira, qui travaille en Afrique du Sud. Avec son groupe, c'est lui qui a repéré Ómicron en novembre dernier. Depuis lors, la sous-lignée BA.1 a été propagée pour la première fois et plus récemment BA.2. Il y a quelques jours, le Dr de Oliveira a annoncé la découverte de sous-lignages BA.4 et BA.5 dans son pays.
De Oliveira dirige l'un des programmes de surveillance génomique du SARS-CoV-2 les plus puissants au monde, au Center for Epidemic Response and Innovation de l'Université de Stellenbosch. Ils ont déjà révélé que les sous-variants BA.4 et BA.5 augmentent leur prévalence dans les cas de COVID-19 détectés en Afrique du Sud.
Le 1er avril, Eduan Wilkinson, bioinformaticien de l'équipe de de Oliveira à Stellenbosch, a observé que des chercheurs du laboratoire du centre et de l'Institut national des maladies transmissibles de Johannesburg avaient mis en évidence plusieurs séquences anormales du génome du coronavirus dans leur dernier lot de données.
Les séquences ont présenté des mutations notables dans la région du coronavirus qui code pour sa protéine spike. Comme cette protéine est essentielle pour que le virus envahisse les cellules, Wilkinson a reconnu la nécessité urgente de rechercher ces mutations dans tous les génomes séquencés dans le pays ces derniers mois pour voir si elles étaient passées inaperçues.
Travaillant au cours de la fin de semaine, Wilkinson et ses collègues ont découvert que ces sous-lignées augmentaient en proportion dans les échantillons analysés. Un mois plus tôt, au cours de la première semaine de mars, les séquences BA.4 et BA.5 représentaient environ 5 % des quelque 500 génomes séquencés en Afrique du Sud. Au cours de la première semaine d'avril, la proportion était passée à 50 %. À cette époque, un groupe international de classification des virus a déterminé que BA.4 et BA.5 constituaient effectivement leurs propres lignées distinctes dans l'arbre généalogique Ómicron et leur a donné leurs noms.
Outre les séquences cumulées d'Afrique du Sud, un nombre relativement faible de séquences BA.4 du Botswana, de Belgique, du Danemark et du Royaume-Uni ont été téléchargées sur la plateforme de données GISAID au cours des deux dernières semaines, et BA.5 est apparu en Chine, en France, en Allemagne et au Portugal.
L'Organisation mondiale de la santé (OMS) a également indiqué il y a quelques jours qu'elle avait sur son radar de surveillance BA.4 et BA.5 une partie d'un variant déjà classé comme « préoccupant ». Il y prête attention car, selon des études de laboratoire, leurs mutations pourraient leur permettre d'échapper à l'immunité obtenue avec les vaccins contre la COVID-19 ou des infections antérieures plus fortement que les autres versions d'Ómicron.
Cependant, De Oliveira a déclaré au journal Naturei/i qu' « il suffit de travailler avec soin et diligence, mais calmement ». Il n'a pas peur des BA.4 et BA.5, car bien qu'ils aient rapidement gagné du terrain en Afrique du Sud au cours du dernier mois, les taux de cas de COVID-19 et d'hospitalisations sont stables dans le pays. Il est également calme car son équipe a fait des découvertes similaires pendant la pandémie et connaît la procédure de surveillance.
Pour la virologue de l'Imperial College of London, au Royaume-Uni, Wendy Barclay, nous devons nous concentrer sur deux problèmes principaux dans la surveillance des sous-variants : « Nous nous soucions d'une différence dans la gravité de la maladie, et nous nous soucions d'une variante qui échappe aux vaccins, car même si nous sommes de la même gravité, une augmentation des cas continue d'avoir un impact majeur sur la vie », a-t-il dit.
L'une des choses qui distinguent BA.4 et BA.5 pour les virologues est une mutation des acides aminés qu'ils partagent appelée F486V. Cette mutation se trouve dans la protéine de pointe du virus, près de l'endroit où la protéine se lie au récepteur ACE2 des cellules, une interaction qui ouvre la porte à l'infection. Les anticorps générés en réponse aux vaccins contre la COVID-19 et aux précédentes infections à coronavirus neutralisent le virus en adhérant à ce point.
Depuis l'année dernière, les virologues ont commencé à remarquer la vulnérabilité de ce point lors d'expériences en laboratoire. Par exemple, le virologue Benhur Lee, de l'Icahn School of Medicine sur le mont Sinaï à New York, et ses collègues ont aidé à examiner un traitement par anticorps monoclonaux prometteur en l'exposant à un virus artificiel contenant de nombreuses versions de la protéine de pointe du coronavirus. Une seule version de la protéine Spike a évité ses anticorps. Il présentait une mutation presque identique à celle du F486V.
À l'époque, Lee était soulagé de constater que la mutation était incroyablement rare dans la vie réelle, suggérant qu'elle entravait le virus d'une manière ou d'une autre. Seules 50 des quelque 10 millions de séquences de coronavirus présentes dans GISAID contenaient la mutation. À ce moment-là, il était convaincu que le traitement par anticorps continuerait d'être largement utile. Mais avec l'augmentation rapide des BA.4 et BA.5 en Afrique du Sud, il semble que le coronavirus ait évolué de telle sorte que la mutation ne le ralentirait plus.
Lorenzo Subissi, virologue de l'OMS, affirme que l'agence suit les deux sous-lignages. Mais avant de tirer des conclusions quant à savoir s'ils constituent une menace supplémentaire par rapport aux autres variantes d'Omicron, vous devez en savoir plus sur les études épidémiologiques sur les personnes. Les immunologistes s'attaquent également à la question de l'évasion immunitaire en exposant des échantillons de BA.4 et de BA.5 à du sang prélevé sur des personnes précédemment infectées par le coronavirus et des personnes vaccinées. Des chercheurs d'Afrique du Sud, du Royaume-Uni, des National Institutes of Health des États-Unis et du Centre chinois pour le contrôle et la prévention des maladies ont fourni des échantillons de patients pour des études de surveillance.
Aujourd'hui, les chercheurs s'efforcent de communiquer ouvertement leurs préoccupations et leurs incertitudes concernant les variants, sans provoquer de politiques gouvernementales inutiles ni d'anxiété. À la fin de l'année dernière, lorsque l'équipe du Dr de Oliveira a détecté la variante originale Ómicron, il y avait des pays tels que les États-Unis et le Royaume-Uni qui ont invoqué des interdictions de voyager contre l'Afrique du Sud. À cette époque, l'OMS a averti que les restrictions de voyage vers l'Afrique du Sud étaient des mesures prises à la hâte et de manière disproportionnée. En outre, des chercheurs tels que de Oliveira ont reçu des menaces de mort et ont dû mettre plus de sécurité dans l'institut où il travaille.
Les interdictions n'ont pas empêché la propagation de la variante, mais ont gravement endommagé l'économie sud-africaine, déjà en difficulté. Si cela se reproduisait, déclare de Oliveira, « je cesserais de partager des données en temps réel avec le monde entier, mais je continuerais à les partager avec mon gouvernement, afin de guider notre propre réponse. »
Compte tenu de ce qui s'est passé en novembre dernier et à la suite de l'identification des sous-lignages BA.4 et BA.5, de Oliveira a rencontré le gouvernement sud-africain et un consortium de quelque 200 chercheurs du pays pour élaborer une stratégie pour les prochaines étapes. En l'absence d'augmentation des hospitalisations en Afrique du Sud - et seulement environ 1.200 cas par jour -, il a conseillé au gouvernement de ne pas établir de directives plus strictes que ce que le pays a déjà fait. Pour le moment, le gouvernement n'a pas modifié ses règles.
Il y a quelques jours, De Oliveira a été particulièrement prudent avec la façon dont il a transmis les nouvelles sur les variantes aux responsables de la santé d'autres pays. Il leur a demandé de rester vigilants mais sans déclencher de politiques largement inutiles, comme les interdictions de voyager, qui peuvent causer plus de mal que de bien.
Que pourrait-il arriver aux sous-lignages ? Les variants du coronavirus de cette année provoquent, en moyenne, une maladie moins grave que les versions précédentes du virus. Mais selon le Dr Barclay, ce n'est pas un signe que le coronavirus continuera de s'affaiblir. En plus d'acquérir les mutations habituelles, le coronavirus peut évoluer rapidement par recombinaison en insérant un morceau de séquence d'un variant dans le génome d'un autre.
Si une sous-lignée Ómicron est recombinée à une autre variante du coronavirus, elle pourrait produire un virus qui échappe à l'immunité et rendre les gens plus malades. « Ce serait formidable si ces nouveaux variants faisaient partie d'une tendance dans laquelle le virus deviendrait plus doux, mais il n'y a aucune raison biologique de croire que ce sera toujours le cas », a déclaré Barclay.
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