Deltacron et XE montrent comment le coronavirus se réinvente en permanence

Les virus changent tout le temps, souvent d'une manière qui nuit vraiment à vos chances de survie. Mais de temps en temps, ces mutations peuvent jouer en faveur du virus. Le virus est imprévisible et l'a montré au cours de ces années de pandémie.

De nombreux experts se demandent quel sera l'avenir de la pandémie de coronavirus. Pourrait-il y avoir une variante qui nous ramènera à ce que nous avons vécu en 2020 ? C'est la grande question à laquelle les scientifiques tentent de répondre.

« Au fur et à mesure que le virus se reproduit, des erreurs se produisent lors de la reproduction de son code. La plupart de ces erreurs entraînent un virus qui n'est pas compétent ou disparaît simplement », a déclaré le Dr Mike Ryan, directeur exécutif du Programme des urgences sanitaires de l'Organisation mondiale de la santé (OMS).

En mars, l'Organisation mondiale de la santé (OMS) a vérifié l'existence d'un nouveau variant combinant Delta et Ómicron et appelé Deltacron. « Nous sommes conscients de cette recombinaison. C'est une combinaison de Delta AY.4 et Ómicron BA.1. Il a été détecté en France, aux Pays-Bas et au Danemark, mais à des niveaux très faibles », a rapporté le Dr Maria Van Kerkhove, épidémiologiste de premier plan, lors d'une conférence de presse à Genève. Cependant, l'expert a précisé que pour le moment, « aucun changement d'épidémiologie ou de gravité » n'avait été détecté. « Mais il y a beaucoup d'études en cours », a-t-il dit. Dans la littérature scientifique, cette nouvelle variante a déjà été surnommée « deltacron », comme indiqué dans un article publié dans le British Medical Journal, bien qu'elle soit reconnue pour l'instant sous le nom de XD.

Outre cette nouvelle variante, le directeur général de l'Organisation mondiale de la santé, Tedros Adhanom Ghebreyesus, s'est dit préoccupé par le fait que « plusieurs pays réduisent considérablement les tests de diagnostic » pour la COVID-19.

« Cela nous empêche de voir où se trouve le virus, comment il se propage et évolue. Les tests continuent d'être un outil essentiel dans notre lutte contre la pandémie, dans le cadre d'une stratégie globale », a déclaré le responsable. Et à cet égard, il a averti que « de nombreux pays d'Asie et du Pacifique sont confrontés à une augmentation des cas et des décès dus à la COVID-19 ». « Le virus continue d'évoluer, et nous continuons de faire face à des obstacles majeurs dans la distribution des vaccins, des tests et des traitements partout où ils sont nécessaires », a-t-il dit.

Selon le Dr Fernando González Candelas, de l'Unité des infections articulaires et de la santé publique de la Fondation pour la promotion de la santé et de la recherche biomédicale de la Communauté valencienne (Fisabio) et de l'Université de Valence, l'OMS ne reconnaît que le variant recombinant XD en tant que variante sous surveillance [VUM, Variant sous surveillance]. « La variante XD est, en fait, une variante avec une partie de Delta et une partie d'Ómicron. Plus précisément, la protéine S (pic) est de type Ómicron (BA.1) et le reste du génome correspond à Delta », a déclaré l'expert.

Il poursuit en expliquant qu'il existe « une autre variante recombinante, correspondant à la lignée XE, qui a été détectée au Royaume-Uni et dans d'autres pays et semble être associée à une transmissibilité légèrement plus élevée que les génomes qui s'y combinent, à la fois Ómicron, mais une partie est BA.1 et l'autre est BA.2. Pour le moment, l'OMS ne considère pas qu'il s'agit d'une variante nécessitant une surveillance, bien que ce soit pour Public Health England en raison de la transmissibilité accrue détectée dans ce pays. » Les experts appellent au calme et affirment qu'il s'agit d'un mécanisme supplémentaire du virus. « Cela ne devrait pas nous effrayer. Cela s'est produit tout au long de la pandémie et va continuer de se produire.

« C'est la dynamique virale et le résultat de sa capacité à se répliquer, ce qu'il fait des milliards de fois et qui aide le virus à modifier ses caractéristiques génétiques et à trouver des moyens de survivre dans un environnement hostile. » C'est ainsi que l'infectiologue et membre de la Commission des vaccins de la Société argentine d'infectiologie (Sadi) Francisco Nacinovich (75 823) a commencé à expliquer à Infobae la raison de l'émergence du nouveau sous-variant. Il a poursuivi : « Parfois, ces changements le rendent (le virus) plus efficace pour continuer à se multiplier, à se propager et à causer des dommages, et d'autres fois ces changements, qui les rendent au hasard, ne permettent que certaines de ces caractéristiques. Peut-être qu'ils rendent la propagation très efficace, mais avec moins d'impact sur la santé, ou l'inverse. »

Un rapport officiel publié le 29 mars par l'OMS indique que le variant XE avait été détecté pour la première fois au Royaume-Uni le 19 janvier par l'Agence de sécurité sanitaire du Royaume-Uni. L'étude indique que la XE est 10 % plus transmissible que le variant BA.2, qui avait déjà un pouvoir infectieux de 75 % par rapport à l'Omicron original, de sorte qu'il devrait devenir le sous-variant prédominant dans quelques semaines. Fait intéressant, et selon le Center for Disease Control and Prevention (CDC) des États-Unis, les épidémiologistes travaillant pour les autorités sanitaires américaines ne surveillent pas la XE, qui n'a pas encore été décrite comme une « variante intéressante » ou une « variante inquiétante ». Cependant, l'OMS précise également que la surveillance d'éventuelles nouvelles mutations se poursuivra aussi longtemps que nécessaire.

Des questions sur la durée ou la fréquence à laquelle le SARS-CoV-2 pouvait suivre sa réplication avaient déjà été soulevées avec l'émergence de la sous-variante BA.2 qui, bien qu'elle ait généré des cas bénins de la maladie, son taux de transmission a provoqué des flambées presque partout dans le monde.

Les experts en virologie et en génomique ne pensent pas que la XE recombinante soit plus sévère ou plus résistante aux vaccins que les autres types d'Omicron. Le professeur François Balloux, généticien à l'University College de Londres, a déclaré que la variante suivrait probablement un chemin similaire à celui de la lignée AY.4.2 Delta oubliée depuis longtemps, qui a suscité des craintes en Grande-Bretagne mais n'a pas réussi à décoller ailleurs. Sur ses réseaux sociaux, le professeur Balloux a déclaré : « La XE n'est pas une variante inquiétante ».

Les vaccins ont fourni une bonne protection contre les maladies graves et les décès dus aux variants précédents, mais les experts soulignent qu'une troisième dose de vaccin est connue pour être nécessaire pour fournir le même niveau de protection contre Omicron.

Naissance d'une sous-variante

Les experts préviennent que lorsque les niveaux de transmission du virus sont élevés et qu'il y a plus de chances qu'une personne soit infectée en même temps par deux variantes. Si cela se produit, la variante résultante « combine » le matériel génétique des deux « et si elle réussit et parvient à être transmise efficacement, elle devient une nouvelle variante en circulation.

Selon l'agence de santé des Nations unies, il existe aujourd'hui une prédominance mondiale de la variante Ómicron du coronavirus. Il est basé sur la prise en compte des 382 789 séquences téléchargées sur la plateforme GISAID avec des échantillons prélevés au cours des 30 derniers jours. 99,7 % étaient des échantillons provenant de patients porteurs du variant Omicron. Seulement 0,1 % étaient des séquences Delta, et 649 séquences n'ont pas été attribuées à une lignée Pango (0,2 %).

« N'oubliez pas que la distribution mondiale des variants préoccupants du coronavirus doit être interprétée en tenant compte des limites de la surveillance, y compris les différences dans les capacités de séquençage et les stratégies d'échantillonnage entre les pays, ainsi que les retards dans les déclarations. En outre, certains pays peuvent avoir modifié leurs politiques d'analyse et de séquençage », a commenté l'OMS dans son bulletin hebdomadaire.

Pour González Candelas, dans la situation actuelle, étant donné les différentes mutations présentes dans les trois principaux variants impliqués, delta et l'omicron BA.1 et BA.2, « nous continuons à nous intéresser davantage à savoir si les nouvelles combinaisons de mutations résultant de la recombinaison ont eu des effets combinés plus importants que séparément, être capable d'augmenter la transmissibilité, de diminuer l'efficacité du vaccin ou d'entraîner des échecs dans le diagnostic par PCR ou de rendre inefficaces certains traitements à base d'anticorps monoclonaux ».

À l'heure actuelle, tous les variants recombinants de XE semblent connaître la croissance la plus rapide, mais il n'est pas clair si cela est dû à un phénomène local au Royaume-Uni ou à la variante elle-même. Au 5 avril, 1 125 cas de XE avaient été identifiés au Royaume-Uni, contre 637 le 25 mars. Le premier cas confirmé a une date de spécimen du 19 janvier de cette année, ce qui suggère qu'il pourrait avoir été en circulation dans la population pendant plusieurs mois. Depuis lors, le XE a été détecté en Thaïlande, en Inde et Israël. On soupçonne que ces derniers cas israéliens se sont développés indépendamment. Les États-Unis n'ont encore signalé aucun cas de XE.

Interrogé sur la question de savoir si la XE pourrait provoquer une nouvelle vague d'infections mondiales, Nacinovich a déclaré que « bien sûr, elle peut provoquer des épidémies et il est important de souligner ici le fonctionnement de la science ». « C'est un exemple que, au-delà de toute frontière géographique, politique ou idéologique, la science travaille en collaboration et en solidarité, et c'est une réalité très positive qui nous invite à réfléchir à l'importance d'investir dans la science et l'éducation, ce qui nous permet de progresser dans tous les aspects et a des implications dans tous les scénarios de la vie. humain », a-t-il réfléchi.

« Nous sommes attentifs à ce type de scénario qui nous met avec toutes les alarmes prêtes à voir ce qui se passe dans le pays et comment cette variante atteint l'Argentine », a conclu Nacinovich.

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