L'OMS surveille XE, une combinaison de sous-variants d'Ómicron qui seraient transmis 10 % plus rapidement

La pandémie de coronavirus se poursuit. Elle a déjà touché plus de 494 millions de personnes et a entraîné la mort de plus de 6,1 millions de personnes. Depuis décembre dernier, la variante préoccupante Ómicron est la principale. Depuis l'Organisation mondiale de la santé, l'attention a été attirée sur les recombinaisons entre les variants, qui sont le résultat du mélange de deux variantes ou entre leurs sous-lignages . La surveillance des variants est aujourd'hui essentielle car ils pourraient influencer la propagation de la pandémie.

La XE recombinante est suivie de près, qui est le mélange entre les deux sous-lignées Ómicron, BA.1 (qui a prédominé entre novembre et février dans le monde) et la soi-disant « furtive » BA.2 (qui a progressé au cours des derniers mois). La XE recombinante inquiète déjà les autorités sanitaires.

Selon l'agence de santé des Nations unies, il existe aujourd'hui une prédominance mondiale de la variante Ómicron du coronavirus. Il est basé sur la prise en compte des 382 789 séquences téléchargées sur la plateforme GISAID avec des échantillons prélevés au cours des 30 derniers jours. 99,7 % étaient des échantillons provenant de patients porteurs du variant Omicron. Seulement 0,1 % étaient des séquences Delta, et 649 séquences n'ont pas été attribuées à une lignée Pango (0,2 %).

« N'oubliez pas que la distribution mondiale des variants préoccupants du coronavirus doit être interprétée en tenant compte des limites de la surveillance, y compris les différences dans les capacités de séquençage et les stratégies d'échantillonnage entre les pays, ainsi que les retards dans les déclarations. En outre, certains pays peuvent avoir modifié leurs politiques d'analyse et de séquençage », a commenté l'OMS dans son bulletin hebdomadaire.

Chaque semaine, des experts procèdent à un processus d'évaluation des risques pour les variants qui sont désormais également appliqués aux recombinaisons. Depuis la mise à jour épidémiologique publiée le 22 mars 2022, aucune nouvelle preuve n'indique que le variant recombinant attribué à la lignée XD, qui est la recombinaison de Delta et d'Omicron, est associé à une transmissibilité accrue ou à des résultats plus graves.

Pendant ce temps, la XE recombinante (qui comprend les sous-lignées d'Ómicron BA.1 et BA.2) a été détectée pour la première fois au Royaume-Uni le 19 janvier. Depuis lors, plus de 600 séquences ont été signalées et confirmées.

Les premières estimations indiquent un avantage dans le taux de croissance de la communauté supérieur à 10 % par rapport à BA.2. Cependant, cette constatation doit être confirmée davantage, ont-ils reconnu.

Le XE recombinant appartient au variant Ómicron jusqu'à ce que des différences significatives dans la transmission de la maladie et les caractéristiques, y compris la gravité, puissent être rapportées. « L'OMS continue de surveiller et d'évaluer de près le risque pour la santé publique associé aux variants recombinants, ainsi qu'à d'autres variants du coronavirus SARS-CoV-2, et fournira des mises à jour à mesure que de nouvelles preuves seront disponibles », ont-ils rapporté.

Cependant, les experts en virologie et en génomique ne pensent pas que la XE recombinante soit plus sévère ou plus résistante aux vaccins que les autres types d'Omicron. Le professeur François Balloux, généticien à l'University College de Londres, a déclaré que la variante suivrait probablement un chemin similaire à celui de la lignée AY.4.2 Delta oubliée depuis longtemps, qui a suscité des craintes en Grande-Bretagne mais n'a pas réussi à décoller ailleurs. Sur ses réseaux sociaux, le professeur Balloux a déclaré : « La XE n'est pas une variante inquiétante ».

Pendant ce temps, la Dre Angela Rasmussen, virologue à l'Université de la Saskatchewan, au Canada, a déclaré qu' « il n'y a aucune raison d'être nerveux ». Il a noté que XE est l'un des nombreux recombinants d'Ómicron BA.1 et BA.2. « En tant que tel, même s'il réussira, ce sera toujours une sous-lignée d'Ómicron. » Delta possédait plus de 200 sous-lignages de ce type avant d'être déplacé par Ómicron.

Le Dr Rasmussen a également souligné que « XE n'est pas une lettre grecque qui désigne une nouvelle variante d'intérêt. Ce n'est qu'une recombinaison d'Ómicron, le cinquième identifié, après XA, XB, XC et XD. » Il a indiqué que les mêmes précautions devraient être prises pour la COVID-19 en général.

La professeure Susan Hopkins, conseillère médicale en chef à l'agence de santé britannique UKHSA, a déclaré : « Les variants recombinants ne sont pas inhabituels, en particulier lorsqu'il existe plusieurs variants en circulation, et plusieurs ont été identifiés au cours de la pandémie à ce jour. Comme pour les autres types de variantes, la plupart disparaissent relativement rapidement. Ce recombinant particulier, XE, a montré un taux de croissance variable et nous ne pouvons pas encore confirmer s'il présente un réel avantage de croissance. »

Selon Hopkins, il n'y a pas suffisamment de preuves pour tirer des conclusions sur la transmissibilité, la gravité ou l'efficacité du vaccin. L'agence britannique a également indiqué qu'elle continuerait à surveiller la situation de près de manière routinière, tout comme toutes les données concernant les variants du coronavirus au Royaume-Uni et à l'international.

Plus tôt cette année, la variante Deltacron, une combinaison d'Ómicron et de la variante Delta qui a dominé la seconde moitié de 2021 dans le monde. Comme la XE recombinante, Deltacron a également été détecté pour la première fois au Royaume-Uni et, au fil du temps, un très petit nombre de cas ont également été séquencés en Amérique.

Mais Deltacron a été dépassé par Ómicron - à la fois BA.1 et BA.2 - et cela n'a pas eu beaucoup d'impact. Bien que la XE recombinante n'ait pas encore été détectée aux États-Unis, l'augmentation du variant « furtif » ces dernières semaines s'est avérée préoccupante pour certaines autorités. Les Centers for Disease Control and Prevention (CDC) ont révélé mardi que la sous-lignée BA.2 - qui est 30% plus infectieuse que BA.1, mais tout aussi légère - représente désormais 72 % des cas de séquençage aux États-Unis.

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