La pandémie de SARS-CoV-2 a suscité des inquiétudes croissantes concernant la transmission d'agents pathogènes des humains aux animaux et leur potentiel de menacer la conservation et la santé publique. Pour évaluer cette menace, un groupe de scientifiques de la Colorado State University a mené une étude qui vient d'être publiée dans Ecology Letters, où ils décrivent près de 100 différents cas dans lesquels des maladies ont été transférées de l'homme à la faune sauvage, tout comme le SARS-CoV-2 a pu se propager dans les élevages de visons, de lions et de tigres à partir de zoos et de cerfs de Virginie sauvages.
Les spécialistes ont examiné des documents contenant des preuves publiées d'événements de transmission interhumaine à la faune, en se concentrant sur la façon dont ces événements pourraient menacer la santé animale et humaine. Ils ont identifié 97 exemples vérifiés, impliquant un large éventail d'agents pathogènes ; cependant, les hôtes signalés étaient principalement des primates non humains ou de grands animaux captifs à longue durée de vie. Relativement peu d'exemples documentés ont entraîné la morbidité et la mortalité, et très peu ont mené au maintien d'un agent pathogène humain dans un nouveau réservoir ou à un « débordement secondaire » subséquent vers les humains.
La COVID-19 a d'abord été transmise d'autres animaux à l'homme, mais les maladies se sont également propagées dans la direction opposée, et de tels « déversements » sont décrits dans les près de 100 études que des spécialistes ont réussi à collecter et à vérifier. « Les signalements documentés de personnes transmettant des maladies à d'autres animaux ne sont probablement que la partie émergée de l'iceberg », explique Anna Fagre, du département de microbiologie, d'immunologie et de pathologie de la faculté de médecine vétérinaire et de sciences biomédicales de la Colorado State University School of Veterinary Medicine and Biomedical Sciences, première auteure de la recherche.
L'équipe Fagre a recherché dans des recherches publiées précédemment tous les articles décrivant la transmission de maladies de l'homme à l'animal qui n'impliquaient pas le nouveau coronavirus. Le groupe a identifié et évalué ces 97 déclarations impliquant des bactéries, des virus, des champignons et des parasites. Parmi ces cas, 57 comprenaient une transmission à des primates, probablement parce qu'il est plus facile pour les agents pathogènes de passer d'un humain à une autre espèce apparentée.
Bon nombre des événements de transmission ont impliqué des animaux de zoo, par exemple un guépard qui a contracté une souche de grippe humaine. Mais ils impliquaient également des animaux sauvages, tels que des gorilles de montagne en Ouganda qui ont contracté plusieurs infections bactériennes causant la diarrhée.
Il n'y a eu aucun cas confirmé de maladie qui a recoupé une espèce animale et a continué à se propager d'un individu à l'autre. Cependant, plusieurs mouffettes sauvages ont été infectées par la grippe humaine, ce qui suggère qu'il pourrait y avoir une transmission continue. Et le virus à l'origine de la COVID-19 se propage désormais largement parmi les cerfs de Virginie en Amérique du Nord.
Il est possible que ces maladies puissent nuire aux animaux atteints, mais il existe également un risque que l'agent pathogène humain mute chez un autre hôte et devienne plus dangereux pour les humains s'il croise à nouveau des humains. « Je pense qu'il y a beaucoup plus de transmission que ce que nous captons actuellement », déclare Fagre. Lorsque nous n'effectuons pas d'échantillonnage solide, nous pouvons manquer de nombreux chemins. »
L'hôte initial de la COVID-19 semble avoir été les chauves-souris, « bien qu'il y ait eu un stade intermédiaire dans les pangolins avant que cela ne nous arrive », poursuit Fagre. Chez les humains, le coronavirus semble avoir été transmis aux animaux de compagnie tels que les chats et également aux visons d'élevage, ce qui a conduit à un massacre de masse au Danemark en 2020, craignant que le virus chez les visons ne se transforme en une variante plus dangereuse. Certaines données suggèrent que le cerf de Virginie a renvoyé le virus à l'homme dans au moins un cas, et de nombreux scientifiques ont exprimé des préoccupations plus générales quant au fait que de nouveaux réservoirs d'animaux pourraient donner au virus des possibilités supplémentaires de développer de nouveaux variants.
À un stade nouveau, les scientifiques commencent à utiliser l'intelligence artificielle pour anticiper quelles espèces pourraient être à risque de contracter le virus. Lorsque les chercheurs ont comparé les espèces infectées par le SARS-CoV-2 avec les prévisions faites par d'autres chercheurs au début de la pandémie, ils ont constaté qu'il était possible, en première approximation, d'effectuer un suivi précis. C'est sur cette voie que se trouve la prochaine enquête de cette équipe de travail.
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