Fernando Gago se volcó a la dirección técnica desde muy temprana edad tras su retiro como futbolista profesional. Luego de colgar los botines en Vélez Sársfield, atravesó su primera experiencia como DT en Aldosivi de Mar del Plata. Su debut no fue satisfactorio, al igual que en los otros estrenos que tuvo como entrenador. Hoy, al frente de Boca Juniors y con su método ya en funcionamiento, podría romper una racha en su primer encuentro oficial contra Tigre en Victoria.
El 13 de febrero de 2021, cuando todavía no había público en las canchas por la pandemia del coronavirus, el Tiburón de Gago saltó al campo de juego del estadio José María Minella para enfrentar a Godoy Cruz por la primera jornada de la Copa de la Liga. Ese día formó así: Luciano Pocrnjic; Joaquín Indacoechea, Jonathan Schunke, Federico Milo, Emanuel Iñíguez; Gastón Gil Romero, Leandro Maciel; Lautaro Guzmán, Gastón Lodico, Malcom Braida; y Federico Andrada.
Fue derrota 2-1 como local, por los goles de Ezequiel Bullaude (al tiempo jugaría en Boca), quien aprovechó un grosero error de Pocrnjic y Schunke, y Tomás Badaloni (igualó transitoriamente Andrada tras un fallo insólito del arquero Juan Espínola). Pintita dirigió 26 partidos en Aldosivi, de los cuales ganó 7, empató 3 y perdió 16 (30 goles a favor y 45 en contra), retirándose con un 31% de efectividad.
En octubre de ese año, pero por la Liga Profesional, sucedió a Claudio Úbeda y debutó como técnico de Racing en el Gigante de Arroyito: otra vez fue caída 2-1, pero en condición de visitante. Gino Infantino adelantó al Canalla, Enzo Copetti igualó para la Academia y Marco Ruben decretó el triunfo del dueño de casa. Ese día, Gago alineó a Gabriel Arias; Juan Cáceres, Leonardo Sigali, Andrés Prado, Eugenio Mena; Aníbal Moreno, Mauricio Martínez, Matías Rojas; Tomás Chancalay, Lisandro López y Enzo Copetti.
Con los de Avellaneda sumaría dos títulos (el Trofeo de Campeones 2022 y la Supercopa Internacional 2022, ambos en finales contra Boca) y se despediría luego de quedar afuera de la Libertadores 2023 en cuartos de final (perdió en tanda de penales frente al Xeneize dirigido por Jorge Almirón). Condujo a Racing en 109 partidos, con 54 victorias, 30 empates y 26 derrotas (efectividad del 58%).
En enero de 2024 tuvo su bautismo con Chivas de Guadalajara: fue empate agónico 1-1 ante Santos Laguna por la primera fecha del Clausura mexicano. Erick Gutiérrez fue el salvador al minuto 99. Su equipo cumpliría una buena campaña en ese certamen, clasificándose a los cuartos de final de los playoffs, pero luego fue eliminado en semis por América. El mismo verdugo tuvo Gago en los octavos de final de la Liga de Campeones de la Concacaf: las Águilas se impusieron 5-3 en el global. En la Leagues Cup (certamen que ganó el año pasado Lionel Messi con Inter Miami), quedó afuera en fase de grupos tras quedar por detrás de Los Ángeles Galaxy y San José Earthquakes de la MLS.
Y llegó a dirigir once partidos del actual Apertura mexicano con Chivas, siendo derrota en el clásico con Atlas su último compromiso y habiendo dejado al Rebaño Sagrado en el noveno lugar (clasificación a octavos de final de los playoffs). Sus números finales con la entidad mexicana dejaron un saldo de 38 partidos dirigidos, con 17 ganados, 11 empatados y 10 perdidos (efectividad del 54%).
Un detalle: en Boca, como futbolista, ganó los dos partidos que iniciaron sus ciclos en el club. En el que fue su debut profesional, por la penúltima jornada del Apertura 2004 como visitante de Quilmes, el Xeneize se impuso 1-0 con gol de Franco Cángele de penal sobre la hora. Y tras su paso por Europa y Vélez, Pintita gozó de su reestreno en la Bombonera justamente frente al Fortín, con victoria 2-1 por los tantos de Ribaír Rodríguez y Nicolás Blandi (empató transitoriamente Ezequiel Rescaldani), por la quinta jornada del Torneo Inicial 2013.