Das Fehlen genetischer Daten zu COVID kann die Entdeckung der nächsten Variante verlangsamen

Wenn die wissenschaftliche Gemeinschaft etwas über SARS-CoV-2, das Coronavirus, das die COVID-19-Krankheit verursacht, erfahren hat, mutiert das Virus und passt sich an, um zu überleben, indem es seine Ansteckung erhöht.

Sein genetischer Code änderte sich langsam, als er sich auf der ganzen Welt von Mensch zu Mensch ausbreitete. Die meiste Zeit schienen die Mutationen im Hinblick auf die Gefährlichkeit des Virus nicht signifikant zu sein. Einige dieser Mutationen schwächen das Virus sogar.

Es erschienen jedoch Varianten, die Aufmerksamkeit verdient hatten. Einige werden aufgrund ihrer größeren Übertragbarkeit als von Interesse und andere als besorgniserregend eingestuft Möglichkeit einer Erhöhung der Anzahl von Fällen, die einen Krankenhausaufenthalt erfordern oder die Wirksamkeit von Impfstoffen und Behandlungen verringern.

Um diese Veränderungen zu erkennen, wurden internationale Plattformen geschaffen, die es ermöglichen, genetische Daten, die über das Coronavirus entdeckt wurden, auszutauschen, um neue Varianten zu erkennen, die auftreten können.

Mehrere Wissenschaftler haben jedoch kürzlich gewarnt, dass Lücken in den Genomdaten die Suche nach der nächsten COVID-Variante behindern könnten. Die Sequenzierung von SARS-CoV-2-Genomen hat Forschern geholfen, die Entwicklung des Virus zu verfolgen, aber viele Länder teilen nicht alle ihre Daten.

Was passiert ist, dass viele Länder, die SARS-CoV-2-Genome sequenzieren, nur einen Bruchteil davon in öffentlichen Repositorien teilen, und vielen Sequenzen fehlen wichtige Informationen, so eine globale Analyse der genomischen Überwachung. Die Studie ergab jedoch auch, dass die Länder trotz dieser Herausforderungen im Laufe der Pandemie schneller Filmmaterial austauschen können.

Durch den offenen Austausch von Genomsequenzierungsdaten aus SARS-CoV-2-Proben konnten Forscher verfolgen, wie sich das Virus entwickelt, und ist zu einem Markenzeichen der Pandemie geworden. Die Forscher befürchten jedoch, dass Datenlücken die Erkennung der nächsten besorgniserregenden Variante von COVID-19 erschweren und die Bemühungen, schnell darauf zu reagieren, vereiteln könnten.

In einer Studie, die diese Woche in Nature Genetics veröffentlicht wurde, sammelten Forscher genomische Daten, die zwischen Beginn der Pandemie und dem 31. Oktober 2021 in öffentliche Repositorien, einschließlich GISAID, hochgeladen wurden und ungefähr 4,9 Millionen Genome aus 169 Ländern.

Sie verglichen diese Sequenzen mit offiziellen Berichten aus einzelnen Ländern und stellten fest, dass von 62 Ländern, die diese Daten meldeten, 23 (mehr als ein Drittel) weniger als 50% ihrer Sequenzen der interessierenden Varianten Alpha, Beta, Gamma und Delta gestiegen waren. Etwa ein Viertel der Länder hatte weniger als 25% ihrer Sequenzen hochgeladen.

„Mangelnder Austausch ist ein globales Problem. Es geht nicht nur um reiches oder armes Land „, sagte Co-Autor Andrew Azman, Epidemiologe für Infektionskrankheiten an der Johns Hopkins University in Baltimore, Maryland.

Bestrafen Sie Transparenz

Die Autoren schlagen mehrere Gründe vor, warum einige Länder möglicherweise nicht alle ihre Streams in öffentlichen Repositories teilen. „Einige der Proben wurden möglicherweise überhaupt nicht sequenziert, da es Möglichkeiten gibt, besorgniserregende Varianten zu identifizieren, ohne das gesamte Genom zu sequenzieren“, sagt Azman. „Und abhängig von der Sequenzierungstechnologie, die die Forscher verwendeten, waren einige Proben wahrscheinlich nicht von ausreichender Qualität, um sie zu laden“, sagte Cynthia Saloma, Molekularbiologin an der Diliman University auf den Philippinen in Quezon City.

Einige der nicht geteilten Sequenzen werden jedoch wahrscheinlich aus politischen Gründen beibehalten, einschließlich der Auswirkungen, das erste Land zu sein, das eine neue Variante der Besorgnis meldet. „Die meisten Länder, die solche Daten teilen, leiden tendenziell darunter“, sagte Nnaemeka Ndodo, Molekularbioingenieur am nigerianischen Zentrum für Krankheitskontrolle in Abuja. Als beispielsweise Forscher in Südafrika und Botswana im vergangenen November die Welt auf die Ómicron-Variante aufmerksam machten, reagierte eine große Anzahl von Ländern mit der Schließung ihrer Grenzen zur Region.

In einigen Ländern müssen die Regierungen Sequenzen überprüfen und genehmigen, bevor sie hochgeladen werden. Regierungen in vom Tourismus abhängigen Ländern „könnten ihre Labors auffordern, aufgrund der Auswirkungen, die sie haben werden, keine Daten auszutauschen“, sagte Malavige. Azman behauptet jedoch, dass der Datenaustausch nur ein Teil der Geschichte ist. Einige Länder teilen einen großen Teil ihrer Proben, aber sie haben nur eine Handvoll Genome sequenziert, sagt er.

Die Forscher fanden heraus, dass 87 Länder routinemäßig Proben sequenzierten, 31 jedoch nicht, und das Team konnte keine Informationen zu genomischen Überwachungsstrategien für weitere 76 finden. Weltweit wurden ab September 2020 nicht mehr als 4,5% der bestätigten Fälle von COVID-19 jede Woche sequenziert, mit großen Abweichungen zwischen den Regionen, von insgesamt 3,4% der in Europa während des Untersuchungszeitraums sequenzierten Genome bis zu 0,1% im östlichen Mittelmeerraum. Einige Länder, darunter Norwegen, das Vereinigte Königreich und Kanada, haben mindestens 10% ihrer kumulativen Fälle sequenziert.

Daten zu Daten

In der Studie wurde auch die Qualität der Metadaten bewertet, die von 169 Ländern auf GISAID hochgeladen wurden. Es wurde festgestellt, dass 63% der Sequenzen keine Informationen über Alter und Geschlecht der Person enthielten, von der Proben entnommen wurden, und mehr als 95% keine klinischen Informationen wie die Schwere der Symptome und den Impfstatus der infizierten Person enthielten. Länder mit höherem Einkommen lieferten tendenziell weniger Metadaten als Regionen mit niedrigerem Einkommen.

Metadaten sind besonders wichtig, wenn eine neue Variante auftaucht, um zu beurteilen, wer am stärksten gefährdet ist, wie gut vorhandene Impfstoffe und Medikamente funktionieren werden und welche Bedingungen zu ihrer Entstehung hätten führen können, sagen die Forscher.

Auch hier kann es viele Gründe für Informationslücken geben, wie Bedenken hinsichtlich des Datenschutzes, und dass die Metadatenerfassung nicht mit der Sequenzierung der Proben Schritt halten kann. Manchmal fehlen einer Probe Metadaten, aber sie stammt aus einer abgelegenen Provinz. Daher ist es zu wertvoll, sie nicht zu teilen, sagte Nino Susanto, ein Bioingenieur, der das COVID-19-Testlabor GSI Lab in Jakarta leitet.

Trotz der Herausforderungen beim Datenaustausch ergab die Studie auch, dass Länder während der Pandemie schneller Sequenzen austauschen können. Im Jahr 2020 brauchten Forscher in den meisten Ländern durchschnittlich fast drei Monate, um genomische Daten zu sammeln, zu sequenzieren und in öffentliche Repositories hochzuladen (siehe Beschleunigung). Dies wurde jedoch auf 20 Tage reduziert, als die Delta-Variante im Jahr 2021 auf den Markt kam.

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