El estado de Amazonas, en el norte de Brasil, es una de las regiones más afectadas por la epidemia de COVID-19 y experimentó dos oleadas de crecimiento exponencial a principios y finales de 2020. Mediante un estudio de epidemiología genómica basado en 250 genomas de SARS-CoV-2 de diferentes municipios de la región muestreados entre marzo de 2020 y enero de 2021 un equipo de trabajo de la Fundación Oswaldo Cruz de Manaos determinó que la primera fase de crecimiento exponencial fue impulsada principalmente por la difusión de la variante B.1.195 que fue reemplazada gradualmente por la B.1.1.28, cuando todavía no se vinculaba a las variantes o linajes con la ciudad de origen sino con el nombre científico del laboratorio.
La segunda ola coincide con la aparición de la variante P.1 o llamada de Manaos que evolucionó a fines de noviembre y reemplazó rápidamente al linaje parental en menos de dos meses.
Sus hallazgos sostienen que los reemplazos sucesivos de linajes en el Amazonas fueron impulsados por una combinación compleja de niveles variables de medidas de distanciamiento social y la aparición de un virus VOC P.1 más transmisible. Estos datos brindan información única para comprender los mecanismos que subyacen a las olas epidémicas de COVID-19 y el riesgo de diseminación del COV P.1 del SARS-CoV-2 en Brasil y potencialmente en todo el mundo.
El presente estudio es la investigación genómica del SARS-CoV-2 más completa realizada hasta la fecha en el Amazonas. Su análisis final permitió conocer que la mayoría de los casos amazónicos fueron impulsados por la diseminación exitosa de algunas ramificaciones virales locales que en conjunto comprenden el 77% de los 250 genomas amazónicos del SARS-CoV-2.
Las ramas del SARS-COV-2 amazónicos surgieron en Manaos o en la región metropolitana entre mediados de marzo y finales de abril de 2020 y se difundieron ampliamente en el estado de Amazonas, llegando a las localidades del interior más aisladas.
Por el contrario, no se detectaron casi ninguna evidencia de diseminación de los primeras variante o linajes amazónicos locales del SARS-CoV-2 fuera del estado, apoyando la tesis de que Amazonas no ha sido un importante centro de diseminación viral dentro de Brasil durante el año pasado. Sino por el contrario , fue el nido óptimo para lpos nuevos linajes.
La baja accesibilidad terrestre de las principales ciudades amazónicas de otros estados brasileños, combinada con la considerable reducción de las actividades turísticas y el tráfico aéreo durante 2020, podrían haber reducido significativamente la posibilidad de exportación de variantes del SARS-COV-2 amazónico a otras regiones brasileñas. Sin embargo, los viajes durante las celebraciones de Navidad y Año Nuevo, combinados con la aparición de un VOC P.1 potencialmente más transmisible, podrían haber cambiado este escenario.
Los investigadores sostienen que se podría haber reducido significativamente la posibilidad de exportación de variantes del SARS-COV-2 amazónico a otras regiones brasileñas.
Cuando las medidas de mitigación se relajaron y el índice de distanciamiento social cayó por debajo del 40%, en septiembre de 2020, la variante perdurable del SARS-COV-2 (B.1.1.28) en Brasil se expandió, y la otra (la B.1.195) se extinguió, completando así el proceso de reemplazo de linaje. Así, el menor distanciamiento social observado en los municipios del interior del estado de Amazonas en comparación con Manaos fue el probable impulsor del primer reemplazo de linaje y su transmisibilidad se redujo significativamente a mediados de abril cuando el distanciamiento social en Manaos aumentó el 50%.
Cifras por las nubes
Un estudio de donantes de sangre realizado en Manaos estimó que la primera ola de SARS-CoV-2 infectó al 76% de la población de la ciudad en octubre pasado, lo que sugiere que ya se había alcanzado la inmunidad colectiva.
Suponiendo que la reinfección es rara y que la inmunidad contra la infección no disminuyó significativamente para diciembre pasado, no se esperaría una segunda ola de COVID-19 tan pronto. Se propusieron varias hipótesis para explicar esta inesperada segunda ola que resultó en el colapso del sistema de salud en Manaos entre el fin del año y el 2021. “Nuestros hallazgos apoyan que las intervenciones no farmacéuticas (INF) podrían explicar una gran parte de la dinámica de la epidemia en Amazonas -afirma el autor principal de la investigación, Felipe Naveca-. La evidencia indica que la primera ola epidémica en Amazonas fue controlada relativamente por la implementación de las NPI, antes de la inmunidad colectiva. Nuestros resultados también confirman que las NPI no fueron lo suficientemente estrictas para reducir consistentemente la tasa de reproducción de linajes o variantes amazónicos del SARS-CoV-2 y que, en cambio, se mantuvo un estado estacionario de transmisión comunitaria endémica de mayo a septiembre pasados” .
Desde septiembre en adelante se espiralizo el problema, las medidas de mitigación se relajaron y la tasa de reproducción del virus (el llamado R) volvió a estar por encima de 1.0. No obstante, la segunda ola epidémica comenzó en diciembre de 2020, coincidiendo con la aparición de la variable P.1 y el segundo evento de reemplazo de linaje.
El nivel de ARN del SARS-CoV-2 fue 10 veces mayor que el nivel detectado en infecciones no correspondientes a la variable P.1; lo que sugiere que las personas adultas infectadas con P.1 son más infecciosas que las que albergan virus que no son de la variante P1 o también llamada Manaos.
Estos hallazgos apoyan colectivamente que los reemplazos de linajes podrían ser un fenómeno recurrente en la evolución local del SARS-CoV-2 impulsado por factores ecológicos y virológicos. La falta de distanciamiento social eficiente y otras medidas de mitigación probablemente fue lo aceleró la transmisión temprana de la variante P.1, mientras que la alta transmisibilidad de esta variante impulsó aún más el rápido aumento de casos de SARS-CoV-2 y hospitalizaciones observadas en Manaos después de su aparición.
La débil adopción de intervenciones no farmacéuticas, como ocurrió en Amazonas y otros estados brasileños, representa un riesgo significativo para el surgimiento y diseminación continua de nuevas variantes. La implementación de medidas de mitigación eficientes, combinadas con la vacunación masiva, será crucial para controlar la propagación en Brasil.
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