La Cineteca Nacional de México no siempre estuvo ubicada en la colonia Xoco. El 17 de enero de 1974 abrió con la proyección de la película El compadre Mendoza (1933) de Fernando de Fuentes, en ese entonces su ubicación era dentro de uno de los Foros de los Estudios Churubusco, en Calle Atletas 2 colonia Country Club Churubusco, actualmente ahí se localiza el Centro Nacional de las Artes (CENART).
Al comienzo de su historia, la Cineteca Nacional estuvo adscrita a la Dirección de Cinematografía de la Secretaría de Gobernación, posteriormente, en 1976 se creó la Dirección General de Radio, Televisión y Cinematografía (RTC), así que la la Cineteca comenzó a formar parte de la misma. Además de las dos salas de proyección: el Salón Rojo y la Sala Fernando de Fuentes; contaba con una hemeroteca, una librería, un restaurante, sala de exposiciones y bóvedas para conservación de las películas.
Dichas bóvedas estaban diseñadas para la preservación de películas de acetato, un material que no era inflamable o explosivo, sin embargo, debido a la falta de instalaciones adecuadas, también había almacenadas alrededor de 2 mil películas de nitrato, un material mucho más inestable, además, las salas a las que el público tenía acceso habían sido construidas arriba de las bóvedas mencionadas.
Sobre el incidente, la mayoría de crónicas sobre el incendio coinciden en que aquella tarde del 24 de marzo de 1982 se estaba proyectando La tierra de la gran promesa, de Andrzej Wajda en la sala Fernando de Fuentes, la cuál se llenó de humo y posteriormente explotó el depósito de las latas de película, causando que el fuego alcanzara a todo el edificio.
De acuerdo con el crítico de cine Jorge Ayala Blanco en el documental Los rollos perdidos (2012) de Gibrán Bazán, las personas que estaban en el Salón Rojo fueron las primeras en ser evacuadas, pero al principio se negaron al desalojo por creer que el ruido de explosión correspondía a la cinta proyectada en la sala Fernando Fuentes.
El incendio duró 16 horas hasta que los bomberos pudieron sofocar las llamas. La cifra de pérdidas humanas en el lugar fue de tres personas: Venustiano González, el jefe de bomberos de ese momento; Taide Gómez, empleada de la institución cultural; y José Mercedes Castillo, posteriormente se calculó que, derivado del incidente, fallecieron alrededor de 20 personas más.
El saldo cinematográfico de acuerdo con ex-empleados del recinto fue de más 6 mil negativos de primera exhibición en México, más de 2 mil guiones, algunos dibujos originales de Diego Rivera, negativos de fotografías de Manuel Álvarez Bravo y el archivo fílmico de la presidencia de Plutarco Elías Calles.
Dos años después, el 27 de enero 1984, la Cineteca Nacional fue reinaugurada en la Plaza de los Compositores, es decir, en su ubicación actual de la colonia Xoco en la Alcaldía Coyoacán, esto se logró por diversas contribuciones y donaciones de personalidades: Gabriel Figueroa, director de Fotografía de películas como Macario (1960); Fernando de Fuentes, productor de cine y el Canal 13 que en ese momento era estatal.
En esa reubicación la Cineteca Nacional contaba con cuatro salas de cine, en el año de 1992, con ingresos de la propia Cineteca, comenzó la construcción de bóvedas para el almacenamiento con los controles de humedad, seguridad y temperatura que la Federación Internacional de Archivos Fílmicos (FIAF) exige para preservar todo archivo fílmico. En 1996, este recinto cinematográfico es integrado al Consejo Nacional para la Cultura y las Artes (CONACULTA)
En 2012 hubo otra modificación a las instalaciones, pues se añadieron seis nuevas salas de proyección, se construyó el estacionamiento para los visitantes y se adecuó un espacio de proyecciones al aire libre.
Actualmente la Cineteca Nacional está integrada en la Secretaría de Cultura sede de múltiples festivales de cine como el Festival de Cine de la UNAM (FICUNAM), que en esta ocasión se llevará a cabo de manera virtual del 18 al 28 de marzo, exposiciones temporales como la de Stanley Kubrick en 2017 y diversos ciclos de cine.
Derivado de las medidas de prevención contra la COVID-19, por indicaciones de las autoridades de la Ciudad de México, la Cineteca Nacional suspende sus operaciones cuando el semáforo de actividades está en color rojo, cuando la saturación hospitalaria baja y las autoridades señalan que hay semáforo naranja, el recinto cinematográfico reanuda sus actividades con limitaciones de capacidad y las medidas de bioseguridad para visitantes y empleados.
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