En total, quedan 32 equipos en la segunda fase de la Copa Sudamericana. A los 22 clasificados de la primera ronda se suman diez clubes provenientes de la Copa Libertadores.
Los cruces se definieron a partir de dos bolilleros. En el número 1 se ubicaron los diez que llegaron de la Libertadores y los seis de mejor desempeño durante la primera fase de la Sudamericana. En tanto que, del bolillero, 2 surgieron los 16 conjuntos restantes que atravesaron la primera fase del torneo.
Así quedaron determinados los cruces (el primer equipo abrirá la serie como local)
General Díaz (Paraguay) – Millonarios (Colombia)
Nacional (Paraguay) – Botafogo (Brasil
Sol de América (Paraguay) – Nacional (Uruguay)
San Pablo (Brasil) – Colón (Santa Fe)
Boston River (Uruguay) – Banfield (Argentina)
Fluminense (Brasil) – Defensor (Uruguay)
Atlético Paranaense (Brasil) – Peñarol (Uruguay)
Deportivo Cali (Colombia) – Bolívar (Bolivia)
Liga de Quito (Ecuador) -Vasco da Gama (Brasil)
Caracas (Venezuela) – Sport Huancayo (Perú)
Deportivo Cuenca (Ecuador) – Jorge Wilstermann (Bolivia)
Defensa y Justicia (Argentina) – El Nacional (Ecuador)
Lanús (Argentina) – Junior (Barranquilla)
San Lorenzo (Argentina) – Deportes Temuco (Chile)
Bahía (Brasil) – Cerro (Uruguay)
Rampla Juniors (Uruguay) – Independiente Santa Fe (Colombia)
Cinco clubes argentinos buscarán acceder a los octavos de final: Banfield, Colón de Santa Fe, Lanús, San Lorenzo y Defensa y Justicia.
Los partidos se dividirán en cuatro semanas. La primera tanda de cruces será del 17 al 19 de julio, la segunda del 24 al 26 de julio, la tercera del 31 de julio al 2 de agosto y la cuarta, del 14 al 16 de agosto.