Tras su participación en el Mundial de Francia 98 en el que quedó eliminado en primera ronda luego de dos derrotas ante Rumania e Inglaterra y solo un triunfo ante Túnez, la selección Colombia duró 16 años sin clasificar a una Copa del Mundo, solo hasta 2014 cuando la Tricolor de la mano de José Néstor Pekerman clasificó a la cita orbital que se realizó en Brasil.
Por esos años en los que el combinado cafetero estuvo ausente de la máxima fiesta del deporte rey, lo más grató para los hinchas de la selección Colombia fue la obtención de la Copa América que se realizó en el país cafetero al imponerse por la mínima diferencia a México con un tanto de Iván Ramiro Córdoba en el Nemesio Camacho El Campín.
De aquel equipo dirigido por Francisco Pacho Maturana sobresalían varios jugadores como Víctor Hugo Aristizábal, Óscar Córdoba, Jairo el Tigre Castillo, Mario Alberto Yepes, Giovanni Hernández, Freddy Totono Grisales, Elkin Murillo, Gerardo Bedoya y Fabián Vargas.
Precisamente, Fabián Vargas fue esos jugadores que se ganó el cariño de la afición de la selección Colombia por su entrega dentro del campo de juego que lo hicieron portar la banda de capitán de la Tricolor. El bogotano hizo parte de dos de eliminatorias para los mundiales de 2006 y 2010.
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Para el Mundial de Sudáfrica 2010, la selección Colombia quedó eliminada por tercera vez consecutiva a pesar de que tuvo un inicio prometedor con Jorge Luis Pinto, sin embargo, el equipo se fue a menos por lo cual el santandereano dejó el cargo luego de las caídas en la fecha doble de las clasificatorias ante Uruguay en Bogotá y Chile en Santiago.
La vacante de Pinto fue tomada por Eduardo Lara que venía de triunfar con el conjunto sub-20 que tenía una gran camada de jugadores como Falcao García, Cristián Zapata, David Ospina entre otros. Una vez en el cargo, el caleño volvió a contar con Fabián Vargas que tiene diferencias marcadas con el anterior estratega.
El 5 de septiembre de 2009, Colombia recibió en el Atanasio Girardot a Ecuador por la fecha 15 de las eliminatorias de la CONMEBOL. Aquel partido el cuadro cafetero lo ganó 2-0 con goles de Jackson Martínez y Teófilo Gutiérrez. Antes de terminar el primer tiempo, Fabián Vargas tuvo que abandonar el terreno de juego por una fractura de peroné y rotura de ligamento.
Ese sería el último partido de Fabián Vargas con la camiseta de la selección Colombia dado que nunca más volvió a ser llamado pese a su buen rendimiento en las ligas de España, Brasil, Argentina y Colombia. El exjugador ahora panelista del programa F360 de ESPN contó a La Red de Caracol, cuando el exentrenador de la selección Argentina, Alejandro Sabella le manifestó su admiración por el gran nivel que venía mostrando en ese momento.
“En una reunión que habían hecho con todos los equipos, habíamos ido los jugadores más representativos y me encuentro al técnico de la selección Argentina, Alejandro Sabella y me peguntó ‘¿Y vos por qué no estás en tu selección?’ y yo le digo ‘Maestro me encantaría saber la razón’”.
Posteriormente, el ex América de Cali añadió: “Le comenté todo lo que había pasado lo que sentíamos lo que se decía que simplemente me habían vetado como hicieron con otros jugadores y llega Sabella y me dice: ‘Fabián ¿Sabes una cosa? Si vos fueras argentino serías el cinco de mi selección’, duro a mí se me vinieron las lágrimas”.
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