Por qué los científicos advierten que son casi nulas las chances de hallar al ancestro del coronavirus

El COVID-19 ya afectó a más de 630 millones de personas y produjo la muerte de más de 6,5 millones. Y a casi tres años de su irrupción en el planeta, aún quedan muchas incógnitas. Está pendiente conocer cuál es el origen del virus que causa la enfermedad: el SARS-CoV-2. Es que el patógeno, probablemente, compartió un ancestro con los coronavirus de los murciélagos más recientemente de lo que los científicos habían pensado.

Pero encontrar el ancestro directo del coronavirus SARS-CoV-2 es muy poco probable, según señalaron investigadores científicos de la Universidad de California en San Diego, Estados Unidos, los cuales realizaron un estudio comparativo de genomas de especies de murciélago que habitan en Asia.

Detectar que los genomas completos del SARS-CoV-2 y de varios coronavirus de murciélago están estrechamente relacionados sugiere que compartieron un ancestro común hace varias décadas. Pero se sabe que los virus intercambian trozos de ARN entre sí, un proceso llamado recombinación, por lo que cada sección tiene su propia historia evolutiva.

El estudio fue presentado en el 7º Congreso Mundial de One Health, celebrado en Singapur días atrás. Los científicos compararon fragmentos de genomas de coronavirus. El análisis sugiere que algunas secciones de los coronavirus de los murciélagos y el SARS-CoV-2 compartieron un ancestro común en fecha tan reciente como 2016, apenas tres años antes de que el patógeno apareciera en las personas, a finales de 2019. El trabajo aún no ha sido revisado por pares.

El hallazgo reduce el tiempo entre el ancestro del SARS-CoV-2 originado en los murciélagos y el salto del virus a las personas, afirmaron los investigadores en diálogo con la revista Nature. Sin embargo, no explica cómo ocurrió este salto, un misterio permanente de la pandemia en el que muchos científicos coinciden en que, probablemente, intervino un animal como intermediario.

El estudio pone de manifiesto lo difícil que será encontrar el ancestro directo del SARS-CoV-2 en los murciélagos, al tener en cuenta la frecuencia con la que los coronavirus se recombinan y el tiempo transcurrido. Las posibilidades de encontrar un ancestro directo “son casi nulas”, afirmó Edward Holmes, virólogo evolutivo de la Universidad de Sidney Australia.

Es probable que el ancestro directo del SARS-CoV-2 se haya formado a partir de varios virus y haya estado recombinándose y mutando en los murciélagos desde entonces, afirmó Joel Wertheim, epidemiólogo molecular de la Universidad de California en San Diego, que fue uno de los autores del análisis presentado en Singapur.

El muestreo de murciélagos en busca de coronavirus podría identificar fragmentos virales más estrechamente relacionados que los encontrados en los coronavirus conocidos hasta ahora, pero probablemente no revelará un ancestro directo, advirtió.

Desde que comenzó la pandemia, muchos investigadores, sobre todo en el sudeste asiático, han secuenciado coronavirus encontrados en murciélagos y otros mamíferos. También han secuenciado coronavirus en muestras de tejido más antiguas almacenadas en congeladores con la esperanza de encontrar los orígenes del virus pandémico.

Pero los científicos han tenido dificultades para encontrar un virus progenitor del SARS-CoV-2. Esto ha llevado a especular que la pandemia fue provocada por un virus que se escapó accidentalmente del Instituto de Virología de Wuhan, situado en la ciudad donde comenzó la pandemia. Este laboratorio ha trabajado con coronavirus relacionados.

Hasta ahora se han aislado más de una docena de virus estrechamente relacionados con el SARS-CoV-2 en murciélagos y pangolines. Para determinar su relación con el SARS-CoV-2, los investigadores suelen comparar sus genomas completos, de unos 30.000 nucleótidos.

Utilizando este método, se han descubierto que los parientes más cercanos conocidos del SARS-CoV-2 son un virus de murciélago encontrado en Laos llamado BANAL-52, cuyo genoma es un 96,8% idéntico al del SARS-CoV-2, y un virus llamado RaTG13, encontrado en Yunnan, al sur de China, que es un 96,1% idéntico. La diferencia del 3-4% entre sus genomas y el del SARS-CoV-2 sugiere que ha habido unos 40-70 años de evolución desde que estos virus compartieron un ancestro común.

Pero los investigadores afirman que la comparación de las secuencias del genoma completo ignora el papel de la recombinación en la evolución de los virus. Algunos trozos de ARN podrían ser muy diferentes del SARS-CoV-2, lo que sugeriría que están relacionados de forma más lejana, mientras que otros fragmentos que son mucho más similares implican una relación más estrecha.

Para tener en cuenta la recombinación, los investigadores compararon 18 virus de murciélagos y pangolines estrechamente relacionados con el SARS-CoV-2, y los empalmaron en 27 segmentos. Cada segmento -de unos cientos a un par de miles de secuencias de nucleótidos- tiene una historia evolutiva diferente, dijo Spyros Lytras, virólogo evolutivo de la Universidad de Glasgow, Reino Unido, que presentó el trabajo en Singapur.

Para cada segmento, los investigadores utilizaron un subconjunto más amplio de 167 virus relacionados para estimar desde cuándo el SARS-CoV-2 compartía un ancestro común con un virus de murciélago o animal. El trabajo se describió en un post en el foro de discusión virological.org el mes pasado, y los coautores tienen previsto presentarlo a una revista a principios del año que viene.

El análisis reveló que algunos segmentos compartían un ancestro común con el SARS-CoV-2 hace apenas unos años. La mayoría de los fragmentos compartieron un ancestro común en torno a 2007, pero un pequeño fragmento, de unos 250 nucleótidos de longitud, podría haber compartido un ancestro común en 2016, y otro fragmento de 550 nucleótidos de longitud en 2015. Es decir, sólo 3 ó 4 años antes de que el SARS-CoV-2 afectara a las personas.

Los fragmentos más jóvenes procedían de murciélagos muestreados en Yunnan y Laos. Dadas las distancias que estos virus pueden recorrer con sus murciélagos anfitriones, el análisis sugiere que el sur de China y el sudeste asiático son puntos calientes para los ancestros del SARS-CoV-2, expresó Lytras. “Es un enfoque inteligente -sostuvo Holmes-. Te da la señal más pura del tiempo evolutivo”. Sin embargo, indicó que algunos fragmentos eran bastante cortos, lo que hace que esas estimaciones sean menos fiables porque sólo hay un número limitado de nucleótidos de ARN para comparar.

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