Paso a paso, cómo es la secuenciación genómica para conocer las variantes del coronavirus

Con el objetivo de identificar casos de la variante Delta del SARS-CoV-2 en el país, de un tiempo a esta parte desde el Ministerio de Salud de la Nación definieron “medidas de contención” de esta mutación. Entre ellas, la secuenciación genómica de los casos positivos en personas provenientes del exterior. Se trata de técnicas de biología molecular que permiten determinar la secuencia completa de un genoma (en este caso del SARS-CoV-2) en un proceso de laboratorio.

El dato acerca de más de 40 casos de COVID-19 en una escuela de Belgrano comenzó a circular a última hora del viernes, y durante el fin de semana se confirmó que 43 alumnos de primaria del Colegio ORT de ese barrio habían dado positivo al test de PCR.

Luego, en un comunicado emitido por el Instituto Malbrán junto al consorcio PAIS se confirmó que tres niños que se encontraban entre los estudiantes testeados por el brote de coronavirus habían dado positivo para la variante Delta del virus.

El texto difundido señalaba que “ante las versiones periodísticas de un posible brote por COVID-19 en un colegio de la Ciudad de Buenos Aires, el Consorcio PAIS y el Instituto Malbrán informan que se han notificado al momento, al Sistema Nacional de Vigilancia de la Salud, tres casos confirmados de variante Delta”.

El estudio fue realizado en el laboratorio de Virología del hospital de Niños Ricardo Gutiérrez, nodo central del Consorcio PAIS, financiado por el Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovación, y los aislamientos corresponden a tres menores, dos de siete años y uno de nueve. Otras muestras pertenecientes a este brote, serán analizadas por el laboratorio nacional de referencia ANLIS-Malbrán.

Humberto Debat es virólogo e investigador del Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria en Córdoba y miembro del consorcio PAIS de genómica de SARS-CoV-2 en Argentina, y ante la consulta de Infobae acerca de cómo es el proceso para determinar que un caso positivo de COVID-19 pertenece a una de las variantes de preocupación, explicó que se debe “diferenciar entre tres metodologías en particular”.

Y detalló: “Por un lado, la secuenciación genómica, donde se obtienen cada una de las 30 mil letras que componen el genoma. Eso se realiza en general con una infraestructura en general un poco más compleja”.

“Por otro lado, tenemos la secuenciación parcial donde se amplifica un pequeño amplicón (un fragmento de material genético -ADN o ARN- que da lugar a copias, por medio de la PCR u otra técnica) de unos 800 nucleótidos donde hay muchas mutaciones que son representativas de las variantes de interés, preocupación, etc y con eso se puede determinar de forma fehaciente si una muestra responde o no a estas variantes -ahondó-. Eso se realiza por secuenciación tradicional a través de lo que se denomina método de Sanger”.

Finalmente, según Debat, “están las PCR de variantes, que es una estrategia en la que se mejoró la técnica tradicional que se utiliza para la confirmación de casos notificados”. “Para este ejercicio en particular, lo que se hace es tener alguno de los cebadores o primers que tienen en blanco en la secuencia del virus y se los utiliza para detectarlo, se los hace sensibles a ciertas mutaciones asociadas a estas variantes -puntualizó el experto-. Entonces, en dos reacciones, si da negativo para cierta mutación y positivo para cierta otra se puede determinar también con un buen nivel de certeza que el genoma identificado en la muestra corresponde a alguna variante”.

De todos modos, señaló que “este proceso de PCR de variantes o genotipado luego es complementado por secuenciación total del genoma para confirmar el caso”.

“En nuestro caso, todas las veces que hemos tenido resultado positivo en estas situaciones, y más en Córdoba donde esta práctica de PCR de variantes se hace con frecuencia, la confirmación fue consistente en un 100% de las asignaciones de una muestra, por ejemplo a Delta y Gamma y luego su confirmación por genoma completo”, precisó Debat, quien resumió que “estos son tres caminos que llegan a lo mismo y que plantean distintos niveles de complejidad, infraestructura y certeza”.

Para ejemplificar, el experto compartió con este medio una imagen del flujo de trabajo para variantes que hacen en Córdoba. Sería algo así como “un recorrido para ver cómo se confirma una muestra Delta”, comentó.

Y sobre el gráfico, explicó: “En la primera reacción se chequean dos mutaciones (N501Y y E484K). Si estas dos mutaciones dan negativo, en la reacción adicional se chequean otras mutaciones y si da positivo para P681R y L452R termina siendo Delta. ¿Por qué? Porque justamente Delta no tiene esas primeras que se buscaron y sí estas dos últimas”.

Si bien según las últimas medidas de contención de la variante Delta emitidas por el Ministerio de Salud de la Nación apuntaban a secuenciar las muestras positivas de aquellas personas proveniente del exterior, en el caso del brote en el colegio de Belgrano “la rápida diseminación en niños desató la alerta”, dijo a Infobae la médica infectóloga María Cecilia Niccodemi (MN 105624).

Así, además de los pacientes que vienen del exterior, la recomendación de secuenciación en este caso “se extendió a cualquier persona que provenga de este colegio o haya tenido contacto con alguna de las personas que fueron casos positivos, o bien algún contacto con el cluster de la ORT”, sostuvo la especialista del staff del Centro Médico Doctor Stamboulian y Sanatorio La Trinidad San Isidro, quien agregó: “La recomendación es hacer dos hisopados, uno para testear si el paciente es positivo o negativo, y si es positivo el segundo hisopado se manda para realizar la secuenciación”.

Por su parte, el médico infectólogo pediatra Eduardo López (MN 37586), jefe del Departamento de Clínica Pediátrica del Hospital Ricardo Gutiérrez destacó que “el criterio indica que se debe secuenciar todo caso positivo en personas que vienen del exterior o si aparece un brote, así como en contactos estrechos con alguien que viene del exterior”.

“Desde el punto de vista clínico no hay manera de diferenciar un caso de Delta de uno que no lo es; si bien se dice que tiene menor periodo de incubación y otros consideran que comienza con cuadros de resfrío eso no es categórico para mandar a secuenciar -ahondó el especialista-. Lo que sí es evidente es que si en cuatro o cinco días aparece un número grande de enfermos en un mismo ámbito es obligación secuenciar”.

Y tras señalar que una de las hipótesis asegura que los casos pudieron originarse en un festejo de cumpleaños al que asistieron niños de los dos grados, López agregó: “Con una variante con una alta probabilidad transmisibilidad como Delta, que es similar a la varicela, existe el riesgo de que se contagie a más gente, ya que se sabe que cada individuo infectado transmite el virus como mínimo a otros ocho”.

“No creo que la escuela sea la causa sea la causa del brote sino que la infección se trajo a la escuela”, consideró el especialista, quien fue categórico al asegurar que “tampoco es que Delta afecta más a los niños; no hay publicaciones que demuestren que los menores sean más susceptibles a esta variante”.

Cabe destacar, que desde la vuelta de las vacaciones de invierno, cuando en la Ciudad de Buenos Aires se terminó el sistema de burbujas y los alumnos comenzaron a concurrir a clase todo el grado/año, todos los días, un cambio en el protocolo escolar prevé que ante un caso positivo de COVID-19 en el grupo, éste se debe aislar por diez días y al séptimo día debe hisoparse a todo el grado para la detección de posibles casos asintomáticos.

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