En busca de los puntos ciegos globales: cómo los científicos rastrean las variantes del coronavirus por todo el mundo

Científicos de todo el mundo se mueven como detectives en busca de mutaciones y variantes del coronavirus, que puedan ser más riesgosas para la salud humana.

En el coronavirus que causa la enfermedad COVID-19, hay una cadena de 30.000 letras que representan propiedades químicas y que conforman su genoma. Para replicarse, el coronavirus se une al exterior de una célula humana y luego entra en ella: secuestra la maquinaria celular y la dirige para que haga copias del virus.

Cuando una célula infectada produce nuevos coronavirus, ocasionalmente comete pequeños errores de copia que se llaman “mutaciones”. “Se produce una mutación o dos por mes”, explicó hace unos días a Infobae Julia Lo Médico, bióloga especializada en filogenética, quien fue expositora recientemente en un encuentro de capacitación de la Asociación Argentina de Medicina Respiratoria.

Cuando los científicos observan que hay mutaciones distintivas que aumentan su frecuencia se habla de “variante”. “Es el aviso de que algo puede estar pasando. Cada variante tiene una mutación o más. “Cuando una variante aumenta su frecuencia en más del 30% regional o 20% mundial se convierte en linaje. A medida que pasa el tiempo y con más contagios, se está favoreciendo a que haya más mutaciones”, senaló Lo Médico

Una variante tiene una o más mutaciones que la diferencian de las otras variantes en circulación. Como se preveía en el inicio de la pandemia, se han reportado múltiples variantes del coronavirus en el mundo. Algunas de ellas han generado temor por la posibilidad de que alarguen la pandemia o por el riesgo de que hagan que las vacunas sean menos eficaces.

La Organización Mundial de la Salud (OMS) y los Centros para la Prevención y el Control de Enfermedades (CDC) de Estados Unidos) establecieron en marzo nuevos criterios para clasificar las variantes del coronavirus con la idea de mejorar la calidad del tratamiento que se ofrece a los pacientes afectados.

La mayoría de los países con escasa secuenciación, tienen actualmente poco o ningún acceso a las vacunas contra el COVID-19. Algunos de ellos tienen brotes graves. A medida que el virus del SARS-CoV-2 se replica sin control, son muchas las regiones pueden convertirse en caldo de cultivo para nuevas cepas mutantes, que luego pueden extenderse por todo el mundo. India, por ejemplo, se enfrenta a un aumento de casos líder en el mundo. El 11 de mayo, la OMS etiquetó la nueva variante B.1.617, que surgió en India y se ha extendido a decenas de países, como una variante preocupante. “Donde la pandemia no está actualmente controlada es donde podemos esperar que las variantes estén en aumento”, expresó Gytis Dudas, un biólogo evolutivo del Centro de Biodiversidad Global de Gotemburgo.

El mes pasado, Dudas estaba rastreando una nueva variante de coronavirus preocupante que había desencadenado un brote de COVID-19 en su Lituania natal y apareció esporádicamente en otras partes de Europa y Estados Unidos. Al explorar una base de datos internacional de genomas de coronavirus, Dudas encontró una pista crucial: una muestra de la nueva variante provino de una persona que había volado recientemente a Francia desde Camerún.

Un colaborador suyo, Guy Baele de KU Leuven, pronto identificó seis secuencias más de personas en Europa que habían viajado a Camerún. Pero luego su búsqueda para identificar los orígenes de la variante chocó contra una pared: Camerún había subido un total de solo 48 genomas al repositorio de secuencias global, llamado GISAID. Ninguno incluyó la variante.

Pero no es solo África. De acuerdo a un informe de la revista científica Science, de los 152 países para los que se disponía de datos al 10 de mayo, 100 habían subido datos de secuencia de menos del 1% de los casos notificados. Entre ellos, 51 países, incluidas naciones grandes como India, Indonesia, Rusia y Brasil, habían subido secuencias para menos del 0,1% de los casos. Diez naciones ricas representaron el 82% de las más de 1,4 millones de secuencias en la base de datos de GISAID. “Estamos trabajando para cambiar eso”, dice Frank Konings, líder del Grupo de Trabajo de Evolución del Virus de la Organización Mundial de la Salud (OMS).

A nivel mundial, los obstáculos para la vigilancia sistemática son abrumadores. Los secuenciadores de última generación cuestan $ 335,000 y los científicos locales deben estar capacitados para usarlos. Muchas áreas carecen de las carreteras y la refrigeración necesarias para transportar rápidamente las muestras. En India, “El problema es el muestreo: alguien tiene que recolectar y enviar las muestras y proporcionar los datos clínicos. Eso lleva algo de tiempo “, dice Anurag Agrawal, director del Instituto de Genómica y Biología Integrativa del Consejo de Investigaciones Científicas e Industriales en Nueva Delhi. Y es necesario importar continuamente reactivos de secuenciación costosos.

Con su trabajo, Baele y Dudas, se enteraron de que otro equipo había recopilado secuencias aún no publicadas de un brote de COVID-19 en un centro de investigación de grandes simios en la República Centroafricana, cerca del Camerún frontera. Seis personas llevaban la nueva variante. Fue así como los científicos reconstruyeron el árbol evolutivo y la distribución geográfica de la variante, y concluyeron que probablemente surgió en Camerún. Los expertos Señalan que la variante lleva una serie de mutaciones observadas en otras “variantes preocupantes” que son más infecciosas o peligrosas.

Los investigadores dicen que la historia de esta variante, designada B.1.620, contiene una advertencia para el mundo: “El esfuerzo de secuenciación en Camerún y otros países africanos no es suficiente”, dice el coautor Ahidjo Ayouba, biólogo de la Investigación Nacional Francesa. Ahora, viajará a su Camerún natal el próximo mes para configurar el primer secuenciador de próxima generación del país. La aparición de nuevas variantes con mutaciones deletéreas en países sin secuenciación regular “puede convertirse en una norma alarmante”, advierten los investigadores en el artículo.

Otros países enfrentan desafíos geográficos. En diciembre de 2020, científicos brasileños identificaron P.1 , ahora una variante de preocupación a nivel mundial , durante un brote masivo en Manaos, la capital del estado de Amazonas. “Pero la cobertura de secuenciación es pobre en lugares como el vecino estado de Acre, en la selva tropical, y en el noreste de Brasil”, dijo Ana Vasconcelos, bióloga computacional del Laboratorio Nacional de Computación Científica en Petrópolis, Brasil. La experta dice que solo se han cargado 25 genomas desde Acre. La bióloga reclutó a colegas allí para que proporcionaran 100 muestras, luego descubrió que no había hielo seco, necesario para el transporte. Finalmente recibió las muestras ayer, con la ayuda de una organización no gubernamental francesa, la Fundación Mérieux.

Algunos expertos han sugerido que las naciones tienen como objetivo secuenciar el virus del 5% de los casos, pero otros dicen que esos objetivos están equivocados. “El mundo se está obsesionando demasiado con los números”, dijo Tulio de Oliveira, biólogo computacional y director de KRISP, la Plataforma de Secuenciación de Investigación e Innovación de KwaZulu-Natal en la Universidad de KwaZulu-Natal, Durban. Por ejemplo, él y sus colegas sudafricanos identificaron la variante de preocupación que se originó en Sudáfrica poco después de que surgiera, al muestrear estratégicamente las regiones que luchan contra los brotes en lugar de aumentar el muestreo de manera uniforme en todo el país.

De Oliveria y un gran equipo de otros científicos africanos ahora han convertido los escasos datos de secuencia en África en un panorama general de cómo ha evolucionado el virus dentro del continente. En una preimpresión publicada hace unos días, basada en casi 9000 secuencias recopiladas en 33 países africanos, encontraron que el SARS-CoV-2 probablemente llegó a varios países africanos con viajeros, principalmente de Europa. Las restricciones de viaje inicialmente mantuvieron bajo control los recuentos de casos. Pero luego, el virus evolucionó en varias variantes preocupantes. “Aunque distorsionados por el bajo número de muestras y los puntos ciegos”, escriben los autores, “los hallazgos destacan que África no debe quedarse atrás en la respuesta a la pandemia mundial, de lo contrario podría convertirse en un caldo de cultivo para nuevas variantes”.

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