La Copa Aldao quedó en el centro de la polémica tras la decisión de la Conmebol de oficializar ese torneo. Aunque la confederación luego dio marcha atrás -y sumó otro papelón a su historia-, hay un dato que alimentará las chicanas y cargadas que caracterizan al folclore futbolístico: Boca podría haber agregado ese trofeo a sus vitrinas, de no ser porque en 1940 abandonó en la final de lo que en su momento fue el título más prestigioso del continente.
Había sido un gran año para Boca, que el 25 de mayo había inaugurado oficialmente la Bombonera. La única mancha de la temporada fue el 21 de julio, cuando el xeneixe recibió su mayor goleada en la era del profesionalismo: 7-1 contra Independiente. Aun así, al final se quedó con el campeonato de Primera División y la Copa Carlos Ibarguren. El primero de esos títulos lo habilitó para competir por la Copa Aldao.
También conocida como Copa Rioplatense, la Copa Aldao fue uno de los torneos más prestigiosos de su época y el más importante a nivel continental. Fue el primer campeonato internacional de peso, ya que cruzaba a los campeones de Argentina y Uruguay, los países que por lejos tenían el mejor fútbol del continente, al punto que ganaron 17 de las primeras 20 ediciones de la Copa América. Se anticipó 40 años a la Copa Libertadores.
La gran final de 1940 se disputó en la tarde del 28 de diciembre de 1940. Estrada, Ibáñez, Marante, López, Lazatti, Suárez, Gelpi, Carniglia, Sarlanga, Gandulla y Emeal fueron los once que paró el DT Enrique Sobral, ex masajista y entrenador de boxeo del club de la rivera, que asumió en una época en la que la que no se le prestaba mucha importancia a los técnicos. Enfrente lo esperaba Nacional de Montevideo, que hizo de local en el estadio Centenario.
Ese año había debutado en el xeneixe Jaime Sarlanga, el quinto máximo goleador de la historia del club, con 128 anotaciones en 8 años y un promedio de 0,58 tantos por partido. El centrodelantero se entendía a la perfección con Bernardo José Gandulla y Raúl Florio Emeal, con quienes había integrado la delantera conocida como "La Pandilla" de Ferro.
El propio Emeal abrió el marcador para la visita a los 19 minutos, pero lo empató García sobre el final del primer tiempo, a los 42. El partido se mantuvo igualado hasta que a los 82 Gandulla rompió la paridad y decretó el 2-1 para Boca, que estaba a un paso de quedarse con la Copa Aldao. Sin embargo, García nuevamente convirtió un gol que despertó la furia xeneixe: aunque según el reporte del árbitro Tejada fue a los 88 minutos, el club argentino alegó que fue en tiempo de descuento y la protesta desmedida terminó con las expulsiones de Pedro Suárez y el técnico Sobral. En señal de reprobación, sus jugadores se retiraron de la cancha. Boca abandonó. Al principio se le dio el título a Nacional, pero finalmente quedó vacante porque no hubo acuerdo entre las asociaciones de Argentina y Uruguay.
Quizás por despecho, los hinchas de Boca buscan minimizar el valor del torneo, porque no sólo nunca lo ganaron, sino que les trajo varios dolores de cabeza: los convirtió en el primer equipo en perder dos veces seguidas una final y en caer por abandono en un torneo internacional. En cambio, la Copa Aldao le dio a River su primer bicampeonato internacional, así como también le permitió convertirse en ese entonces en el único club con seis copas internacionales, ya que además había conquistado la Cup Tie Competition.