A los 33 años, Martín Aguirre decidió poner punto final a su carrera como futbolista profesional. El mediocampista anunció su retiro del fútbol, luego de que su contrato con River finalizara el pasado 30 de junio. La noticia se conoció pocas horas después de que Pablo Aimar confirmara su alejamiento de las canchas.
Aunque tras su salida del "Millonario" el bahiense expresó su intención de continuar jugando en otro club, las lesiones que lo asediaron en el último tramo de su carrera lo obligaron a retirarse.
Pieza fundamental en el ascenso que consiguió River en el 2012 tras una temporada en el Nacional B, "El Gula" no pudo tener continuidad en los últimos tres años. Tras sufrir una rotura de ligamentos en un Superclásico ante Boca en octubre de 2012, su carrera ya no pudo volver al trayecto normal.
Aguirre intentó volver a jugar en la primera del "Millonario" a fines de 2013, tras unos meses en la reserva, los problemas físicos volvieron a aparecer y recién pudo volver a una cancha el pasado 3 de junio de 2015, en el encuentro por Copa Argentina ante Liniers de Bahía Blanca. Esos pocos minutos en cancha serían su regreso y, a la vez, su despedida de la actividad profesional.
El mediocampista había realizado gran parte de su carrera en clubes del interior. Comenzó jugando en Bella Vista de Bahía Blanca, ciudad de la cual es oriundo, y luego pasó a Santamarina de Tandil y Villa Mitre. El gran salto lo daría en 2007 con su llegada a Godoy Cruz y, tras tres temporadas, recalaría en Olimpo. Sus destacadas actuaciones en el conjunto bahiense le valdrían el interés de River, donde se convirtió en figura del equipo de Matías Almeyda que consiguió el ascenso a Primera en 2012. Luego de tres años sin continuidad, Aguirre se despidió de las canchas.