La AFI, el equivalente al Buró Federal de Investigaciones (FBI) en México, fue creada en 2001 por el entonces presidente Vicente Fox (2000-2006), pero ya fue reemplazada por la Policía Federal Ministerial (PFM), un cuerpo dependiente del fiscal general que utilizará nuevos uniformes y un logotipo diferente.
El responsable de esta nueva policía mexicana, Vidal Díaz-Leal, destacó que "no se trata de un cambio de nombre, sino de toda una organización y filosofía de trabajo".
Díaz-Leal afirmó que los 4.200 efectivos de los que dispondrá la PFM son fruto de un proceso de depuración en el seno de la antigua AFI, de donde fueron expulsados 721 agentes que reprobaron los exámenes de confianza profesional y a la cual otros 242 directamente renunciaron.
En su momento, la AFI fue creada con la intención de armar una gran fuerza policial según "los estándares internacionales y con amplio reconocimiento a nivel mundial", siguiendo los modelos del FBI y de la británica Scotland Yard.
Cuando llegó al poder en 2006, el ex presidente Felipe Calderón decidió, con el lanzamiento de una amplia ofensiva contra el narcotráfico, la fusión entre la AFI y la Policía Federal Preventiva para crear una única Policía Federal bajo la autoridad del Ministerio de Seguridad Pública.
Desde entonces, la AFI comenzó a reducir progresivamente sus tareas y su número de efectivos, y una ley previó su desaparición a partir de 2009.
El titular del Ministerio de Seguridad Pública es, desde 2006, el polémico Genaro García Luna, creador de la AFI, la cual, bajo su dirección, fue responsable del "montaje" de la detención de la francesa Florence Cassez el 9 de diciembre de 2005.
La Agencia Federal de Investigaciones también fue acusada por el posterior "montaje" de un arresto "en vivo" ante las cámaras de televisión. El caso llegó a la Corte Suprema, que reconoció que hubo "graves irregularidades" y bajo cuyo estudio se encuentra el incidente en este momento.