Dorsey seguirá siendo el director de la compañía de pagos móviles Square, de rápido crecimiento, de la que también es cofundador, lo que podría provocar conflictos de intereses.
Twitter dijo previamente que el cargo de presidente ejecutivo sería una posición a tiempo completo, lo que parecía excluir a Dorsey si continuaba al mando de Square.
Algunos inversores han expresado preocupación sobre si Dorsey podrá seguir al mando de Twitter y Square, que se espera que salga a bolsa más adelante este año.
La decisión se produce en momentos en que Twitter trabaja por reactivar el crecimiento de usuarios. El promedio mensual de usuarios de Twitter en el segundo trimestre creció a su ritmo más lento desde que la compañía salió a la bolsa en 2013.
Dorsey se ha desempeñado como presidente ejecutivo interino del servicio de microblogs desde que el ex CEO, Dick Costolo, renunció al cargo el 1 de julio.
Dorsey seguirá siendo miembro del directorio de Twitter, pero ya no será su presidente. Costolo renunció al directorio el 30 de septiembre.
Adam Bain, ex presidente y jefe de ingresos de Twitter, considerado como favorito para el máximo cargo, fue nombrado como jefe operativo de la compañía.